Desenvolvimento de uma Ferramenta Desenvolvimento de uma Ferramenta
Web Web para aná para an álise autom lise automá á tica de tica de Cromatogramas
Cromatogramas
Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto - USP Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto – USP
Lariza Laura de Oliveira, Gisele Helena Barboni Miranda, Kelly Christiane Ynoue, Vitor Soares Pereira, Fernando Sequeira Sousa, Mariana Laureano de Souza, Luciano Ângelo de Souza Bernardes, Pablo Rodrigo Sanches, Silvana
Giuliatti
Graduação em Informática Biomédica
Sistema
Sistema GaiaGaia
T T ó ó picos Abordados picos Abordados
Introdução
Objetivos
Metodologia
O Sistema Gaia
Conclusões
Agradecimentos
Referências
Sistema
Sistema GaiaGaia
T T ó ó picos Abordados picos Abordados
Introdução
Objetivos
Metodologia
O Sistema Gaia
Conclusões
Agradecimentos
Referências
Sistema
Sistema GaiaGaia
Introdu
Introdu ç ç ão ão
A Bioinformática lida com grande volume de informação
Exemplo: Dados de Seqüenciamento Automático de DNA
Necessidade de uso de técnicas computacionais
Grande disponibilidade de aplicativos na Web
Sistema
Sistema GaiaGaia
Introdu
Introdu ç ç ão ão
Sequenciamento de DNA e a geração de Cromatogramas
DNA é extraído
Amplificação (PCR)
Método de Sanger
(adição de marcadores fluorescentes)
Eletroforese
Feixe de laser
Identificação das seqüências associadas a qualidade
Sistema
Sistema GaiaGaia
T T ó ó picos Abordados picos Abordados
Introdução
Objetivos
Metodologia
O Sistema Gaia
Conclusões
Agradecimentos
Referências
Sistema
Sistema GaiaGaia
Objetivos Objetivos
Facilitar o trabalho dos pesquisadores de Bioinformática do Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Auxiliar na análise de dados oriundos de projetos de seqüenciamento de genes expressos
Criação de uma ferramenta Web com uma interface amigável para manipulação e exibição dos resultados
Agregar um conjunto de ferramentas comumente empregadas na análise de Cromatogramas em um ambiente integrado
Sistema
Sistema GaiaGaia
T T ó ó picos Abordados picos Abordados
Introdução
Objetivos
Metodologia
O Sistema Gaia
Conclusões
Agradecimentos
Referências
Sistema
Sistema GaiaGaia
Metodologia Metodologia
O Pipeline implementado
PHRED CROSSMATCH
PHD2FASTA CAP3 BLAST
Regiões de baixa qualidade são
Regiões mascaradas são retiradas
Sistema
Sistema GaiaGaia
Metodologia Metodologia
Ferramentas utilizadas:
Perl
CGI e HTML
MySQL
Apache
Sistema
Sistema GaiaGaia
T T ó ó picos Abordados picos Abordados
Introdução
Objetivos
Metodologia
O Sistema Gaia
Conclusões
Agradecimentos
Referências
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
O Sistema
O Sistema Gaia Gaia
Sistema
Sistema GaiaGaia
T T ó ó picos Abordados picos Abordados
Introdução
Objetivos
Metodologia
O Sistema Gaia
Conclusões
Agradecimentos
Referências
Sistema
Sistema GaiaGaia
Conclusões Conclusões
O sistema Gaia constitui uma ferramenta útil para a atuação do profissional de bioinformática, fornecendo um ambiente integrado para o estudo e processamento de dados oriundos de projetos de seqüenciamento de genes expressos. Desse modo, torna-se possível agilizar a utilização do conjunto de ferramentas utilizadas, uma vez que todas se encontram integradas no sistema.
Sistema
Sistema GaiaGaia
Agradecimentos Agradecimentos
Ao Laboratório de Bioinformática do Departamento de Genética da FMRP – USP
Sistema
Sistema GaiaGaia
Referências Referências
BALDI, P. & BRUNNAK, S. (1998). “Bioinformatics: The Machine Learning Approach”.
Cambridge: MIT Press.
Ewing, B. & Green, P. Base-Calling of Automated Sequencer Traces using Phred. II. Error Probabilities, Genome Research, v. 8, p. 186-194, 1998.
HUANG, X. & MADAN, A. CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res, v. 9, p. 868- 877, 1999.
ALTSCHUL, S. F. et al. A basic local alignment search tool, Journal of Molecular Biology, v. 215, p. 403-410, 1990.
Kurose, J. F. & Ross, K. W. Redes de computadores e a Internet: Uma abordagem top-down.
Trad. 3 ed., Addison Wesley, São Paulo, 2006.
Desenvolvimento de uma Ferramenta Desenvolvimento de uma Ferramenta
Web Web para aná para an álise autom lise automá á tica de tica de Cromatogramas
Cromatogramas
Obrigada pela atenção
Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto - USP Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto – USP
Lariza Laura de Oliveira, Gisele Helena Barboni Miranda, Kelly Christiane Ynoue, Vitor Soares Pereira, Fernando Sequeira Sousa, Mariana Laureano de Souza, Luciano Ângelo de Souza Bernardes, Pablo Rodrigo Sanches, Silvana
Giuliatti
