• Nenhum resultado encontrado

Alinhamento de estruturas em imagens médicas

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Share "Alinhamento de estruturas em imagens médicas"

Copied!
204
0
0

Texto

(1)

                     

M

                                       

Alinh

Médicas

hamen

s: Estud

nto de 

do, De

Freder

J

Estrut

esenvo

rico Lázaro

Julho de 201

uras em

lvimen

o Jacob 

10 

m Imag

nto e A

 

gens 

Aplicaçã

ão 

(2)
(3)

Alinhamento de Estruturas em Imagens 

Médicas: Estudo, Desenvolvimento e Aplicação 

Dissertação submetida para obtenção do grau de Mestre em Engenharia 

Biomédica pela Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto 

                 

Frederico Lázaro Jacob 

Licenciado em Engenharia Electrotécnica pelo Instituto Superior de Engenharia do Porto (2002)                    Orientador: 

João Manuel R. S. Tavares 

Professor Auxiliar do Departamento de Engenharia Mecânica  Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto      Co‐orientador: 

Ana Mafalda Reis 

Assistente Hospitalar de Neurorradiologia  Hospital Pedro Hispano, Matosinhos     

(4)

                                                                                 

(5)

   

AGRADECIMENTOS 

 

Este documento é o culminar de um trabalho que não teria sido possível desenvolver sem  a ajuda e a contribuição de um número considerável de pessoas. Assim, agradeço: 

 Ao  Professor  Doutor  João  Manuel  R.  S.  Tavares,  pelo  apoio  fornecido  ao  longo  da  elaboração deste estudo, pela constante disponibilidade e apoio; 

 À Dr.ª Ana Mafalda Reis, pelo auxílio prestado durante o presente estudo; 

 Aos  meus  pais,  irmãos,  companheira  e  filha,  pela  força  que  transmitiram,  afecto  e  cooperação;   Ao Eng.º Pedro Guimarães, ao Doutor Carlos Vinhais, à Eng.ª Inês Meneres, e ao Eng.º  Ruben Couto, a honra de tê‐los como amigos;   A todos os que possibilitaram o seu desenvolvimento.             

(6)
(7)

   

RESUMO 

 

Na presente Dissertação são avaliadas e comparadas metodologias para o alinhamento de  estruturas  em  imagens  médicas,  em  particular  no  âmbito  do  acompanhamento  clínico  de  pacientes atingidos por esclerose múltipla.  

Visando a total compreensão do trabalho desenvolvido, numa primeira fase, apresenta‐se  uma descrição da patologia considerada, de forma a definir a utilidade da imagiologia no seu  estudo. De seguida, procede‐se à descrição de diversos aspectos específicos relacionados com  o  alinhamento  de  imagens.  Posteriormente,  surge  o  ensaio  e  a  validação  das  várias  metodologias implementadas na biblioteca computacional de domínio público Insight ToolKit  (ITK), principalmente com imagens cerebrais adquiridas por ressonância magnética. Resultados  experimentais obtidos, assim como conclusões finais e perspectivas futuras, são expostos no  final deste documento. 

 

Palavras‐chave:  análise  de  imagem,  alinhamento,  esclerose  múltipla,  ITK,  imagens  por 

ressonância magnética.   

(8)
(9)

   

ABSTRACT 

 

In this thesis, are evaluated and compared approaches to the registration of structures in  medical images, as part of clinical monitoring of patients suffering from multiple sclerosis. 

Seeking  to  understand  this  work,  initially,  it  presents  a  description  of  the  pathology  in  order to define the usefulness of imaging in their study. Then, we proceed to the description of  several specific aspects related to the registration of images. Subsequently, there is a section  devoted  to  testing  and  validation  of  various  methodologies  implemented  in  ITK  software,  particularly with magnetic resonance imaging of the brain. The experimental results obtained,  as well as evidence and perspectives, are exposed in the end.    Keywords: image analysis, registration/alignment, multiple sclerosis, ITK, magnetic resonance  imaging.   

(10)
(11)

   

ÍNDICE 

 

AGRADECIMENTOS ... 1  RESUMO ... 3  ABSTRACT ... 5  ÍNDICE ... 7  ÍNDICE DE FIGURAS ... 9  ÍNDICE DE TABELAS ... 13  ACRÓNIMOS ... 15  CAPÍTULO I – Introdução à Dissertação e à sua estrutura ... 17  1.1.  Enquadramento ... 19  1.2.  Motivação e objectivos ... 21  1.3.  Plano de trabalho ... 22  1.4.  Estrutura organizativa ... 23  1.5.  Principais contribuições ... 23  CAPÍTULO II – Esclerose múltipla ... 25  2.1.  Introdução ... 27  2.2.  Noções históricas ... 28  2.3.  Descrição da doença ... 30  2.4.  Formas de esclerose múltipla ... 31  2.5.  Critérios de diagnóstico ... 34  2.6.  Resumo ... 36  CAPÍTULO III – Imagem por Ressonância Magnética ... 39  3.1.  Introdução ... 41  3.2.  Princípios de funcionamento ... 42  3.3.  Tempos de relaxação ... 45  3.4.  Contraste das imagens... 46  3.5.  Formação de imagem ... 50  3.6.  Artefactos ... 51  3.7.  Resumo ... 52  CAPÍTULO IV – Técnicas de Alinhamento de Imagens Médicas ... 55  4.1.  Introdução ... 57  4.2.  Conceitos associados ao alinhamento de imagens ... 57  4.2.1.  Alinhamento de imagens ... 57  4.2.2.  Classificação dos métodos de alinhamento de imagens ... 58  4.2.3.  Formulação matemática de um método de alinhamento ... 61  4.2.4.  Diagrama de blocos de um método de alinhamento ... 62  4.2.5.  Natureza ou modalidade das imagens médicas ... 63  4.3.  Descrição dos critérios ... 65  4.3.1.  Detecção de características e medida de similaridade ... 66  4.3.1.1.  Métodos baseados em características geométricas ... 69  4.3.1.1.1.  Extracção de primitivas ... 69  4.3.1.1.2.  Colocação em correspondência das primitivas ... 71  4.3.1.2.  Métodos baseados em intensidades ... 73  4.3.1.2.1.  Escolha do critério de similaridade ... 74  4.3.1.2.2.  Métricas extraídas da teoria da informação ... 77  4.3.2.  Estimação do modelo de transformação ... 83  4.3.2.1.  Transformações rígidas ... 87  4.3.2.2.  Transformações não‐lineares ... 89  4.3.3.  Estratégias de optimização ... 93  4.3.3.1.  Métodos sem gradiente ... 94  4.3.3.2.  Métodos de gradiente ... 95  4.3.4.  Validação de métodos de alinhamento ... 97  4.4.  Métodos para alinhamento de imagens médicas ... 98  4.5.  Implementações computacionais ... 106  4.6.  Resumo ... 115  CAPÍTULO V ‐ Análise experimental ... 117  5.1.  Introdução ... 119  5.2.  Casos clínicos em estudo ... 119  5.3.  Recursos utilizados ... 122  5.3.1.  Linguagem de programação ... 122 

(12)

5.3.2.  CMake ... 123  5.3.3.  ITK ... 124  5.3.4.  Equipamento e sistema operativo ... 125  5.3.5.  DICOM ... 125  5.4.  Alinhamento de imagens no ITK ... 125  5.4.1.  Técnicas genéricas de alinhamento presentes ... 127  5.4.2.  Algoritmos de alinhamento disponíveis no ITK ... 131  5.5.  Algoritmos usados ... 137  5.5.1.  Algoritmos seleccionados ... 137  5.5.2.  Análise dos algoritmos empregues ... 138  5.6.  Alinhamento de imagens de um mesmo doente ... 142  5.6.1.  Considerações referentes ao código fonte dos algoritmos ... 142  5.6.2.  Descrição dos dados ... 143  5.6.3.  Resultados experimentais ... 147  5.6.3.1.  Imagens do conjunto (1) ... 148  5.6.3.2.  Imagens do conjunto (2) ... 152  5.6.3.3.  Imagens do conjunto (3) ... 155  5.6.3.4.  Imagens do conjunto (4) ... 158  5.6.3.5.  Imagens do conjunto (5) ... 161  5.6.3.6.  Imagens do conjunto (6) ... 164  5.6.4.  Análise comparativa dos resultados ... 167  5.7.  Algoritmo de alinhamento desenvolvido ... 171  5.7.1.  Descrição do algoritmo ... 171  5.7.2.  Resultados experimentais e análise comparativa ... 184  5.8.  Resumo ... 186  CAPÍTULO VI ‐ Considerações finais e Perspectivas futuras ... 189  6.1.  Introdução ... 191  6.2.  Considerações finais ... 191  6.3.  Perspectivas futuras ... 192  REFERÊNCIAS ... 195     

(13)

   

ÍNDICE DE FIGURAS 

 

Figura 1.1 – Representação esquemática do conceito de alinhamento (retirado de (Yoo 2004)). ... 19 

Figura  1.2  –  Exemplo  de  alinhamento  de  imagens  do  cérebro:  (a)  Imagem  fonte,  (b)  Imagem  a  alinhar,  (c)  Imagem  após  alinhamento, (d) Diferença original, (e) Diferença após alinhamento (retirado de (Ibánez, Schroeder et al. 2005)). ... 20  Figura 2.1 – Aspecto típico das lesões de EM no cérebro (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2004)). ... 27  Figura 2.2 – Retrato de Jean‐Martin Charcot (retirado de (Murray 2005)). ... 28  Figura 2.3 – Ilustrações das lesões descritas por Charcot (retirado de (Murray 2005)). ... 28  Figura 2.4 – Ilustração da EM efectuada por Robert Carswell (retirado de (Murray 2005))... 29  Figura 2.5 – Mapa da prevalência da EM (retirado de (mult‐sclerosis 2008)). ... 29  Figura 2.6 – Estrutura esquemática simplificada de um neurónio típico (retirado de (mult‐sclerosis 2008)). ... 30  Figura 2.7 – Lesão de EM no hemisfério do cérebro (retirado de (Clanet and Lyon‐Caen 1998)). ... 31  Figura 2.8 – Evolução clínica esquemática das distintas formas de EM (retirado de (mult‐sclerosis 2008)). ... 33  Figura 2.9 – Dados histológicos das distintas formas de EM (retirado de (Kutzelnigg, Lucchinetti et al. 2005)). ... 33  Figura 2.10 – Quatro diferentes cortes (axial) de imagem por RM à cabeça (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2004)). ... 36  Figura 3.1 – Exemplo de aparelho de ressonância magnética (modelo Optima MR450w, GE Healthcare (USA)). ... 42 

Figura  3.2  –  Momento  magnético  de  diferentes  núcleos  de  Hidrogénio  de  tecido  biológico  colocado  num  ambiente  natural  (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 43 

Figura 3.3 – Momento magnético individual dos núcleos de tecido biológico colocados num campo magnético intenso (retirado de  (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 43 

Figura 3.4 – Magnetização nuclear total   portador de  0 (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 44 

Figura 3.5 – Evolução do momento magnético longitudinal (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 45  Figura 3.6 – Evolução do momento magnético transversal (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 46  Figura 3.7 – Sequência elementar de spin, composta de um impulso de RF a 90º seguido, após um intervalo de tempo, de outro a  180º (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 47  Figura 3.8 – Corte do cérebro em ponderação T1 (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 48  Figura 3.9 – Corte axial do cérebro em ponderação T2 (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 48  Figura 3.10 – Corte axial em ponderação DP do cérebro de doente com EM (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 49 

Figura  3.11  –  Imagem  por  ressonância  magnética  cerebral  de  doente  com  EM:  (a)  T2,  (b)  DP,   (c)  T2  FLAIR,  (d)  T1  (retirado  de  (Dugas‐Phocion, González et al. 2004)). ... 50  Figura 3.12 – Artefacto devido ao movimento do doente (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 51  Figura 3.13 – Artefacto devido a um objecto metálico (retirado de (Doyon, Cabanis et al. 2001)). ... 51  Figura 3.14 – Artefacto devido às interferências ferromagnéticas (buraco negro na cavidade ocular) (retirado de (Doyon, Cabanis et  al. 2001)). ... 52  Figura 4.1 – Descrição exemplificativa das quatro etapas típicas para o alinhamento de imagens (retirado de (Zitová, Flusser et al.  2005)). ... 61 

Figura  4.2  –  Mediante  algumas  transformações  a  moving  image  é  mapeada  para  o  espaço  da  fixed  image  (retirado  de  (Ibánez,  Schroeder et al. 2005))... 61 

Figura 4.3 – Diagrama ilustrativo do esquema de base geral para o alinhamento de imagens (adaptado de (Yoo 2004)). ... 62 

Figura  4.4  –  Representação  da  probabilidade  de  pertencer  às  três  classes:  (a)  Matéria  branca,  (b)  Matéria  cinzenta,    (c)  Fluido  cérebro‐espinal (retirado de (Dugas‐Phocion, González et al. 2004)). ... 65 

Figura  4.5  –  Cinco  imagens  de  cérebros,  com  pontos  de  correspondência  identificados  manualmente  (retirado  de  (Johnson  and  Christensen 2002)). ... 66  Figura 4.6 – Sulcos extraídos do hemisfério esquerdo do cérebro de um sujeito (retirado de (Hellier, Barillot et al. 2003)). ... 68  Figura 4.7 – Exemplo dos diferentes passos usados na extracção de pontos extremos quando a iso‐superfície é aproximada a um  triângulo (retirado de (Thirion 1996)). ... 71  Figura 4.8 – Histograma “teórico” dos vóxeis de uma imagem alinhada cujos vóxeis correspondentes na imagem referência têm o  mesmo nível de cinzento (retirado de (Nikou, Heitz et al. 1999)). ... 75  Figura 4.9 – Medida de similaridade: As duas imagens por RM à esquerda são de um doente com EM; A imagem da direita é a  resultante da subtracção das primeiras duas imagens (retirado de (Thirion and Calmon 1997)). ... 76  Figura 4.10 – HC da sobreposição de volumes de imagens por RM e de CT cerebrais (retirado de (Maes, Collignon et al. 1997)). .. 80  Figura 4.11 – Histogramas conjuntos 2D para idênticas imagens por RM da cabeça (retirado de (Pluim, Maintz et al. 2003)). ... 81 

Figura 4.12 – Entropias envolvidas na combinação de duas imagens   e   (adaptado de (Studholme, D.L.G.Hill et al. 1999)). ... 83 

Figura 4.13 – Exemplo de transformações 2D da imagem, combinando domínio e tipo de transformações (retirado de (Elsen, Pol et  al. 1993)). ... 85  Figura 4.14 – Imagens médias produzidas após alinhamento (a) rígido, (b) afim e (c) não‐linear de imagens por RM de indivíduos  normais (adaptado de (Hill, Batchelor et al. 2001)). ... 86  Figura 4.15 – Exemplo de alinhamento: (a) Imagens por RM de um doente com EM, (b) Imagens do mesmo doente adquiridas dois  meses mais tarde, (c) Alinhamento rígido obtido (retirado de (Rey, Subsol et al. 2002)). ... 88  Figura 4.16 – Exemplo de grelha de deformação após um alinhamento (retirado de (Kybic and Unsery 2003)). ... 90 

(14)

Figura  4.17  –  Ilustração  da  estratégia  de  alinhamento  por  blocos  correspondentes  num  corte  de  imagem  por  RM  (retirado  de  (Ourselin, Roche et al. 2000))... 92  Figura 4.18 – Identificação de estruturas anatómicas correspondentes (retirado de (Kybic and Unsery 2003)). ... 93  Figura 4.19 – Estratégias de optimização de informação mútua num sub‐espaço de parâmetros 2D através de alinhamento óptimo  (retirado de (Maes, Vandermeulen et al. 1999)). ... 96  Figura 4.20 – Campo de deslocamento em redor da lesão calculado pelo alinhamento entre as duas imagens da esquerda (retirado  de (Rey, Subsol et al. 2002)). ... 99  Figura 4.21 – Ilustração da correcção topológica executada (retirado de (Karaçali and Davatzikos 2004)). ... 100  Figura 4.22 – Alinhamento não‐rígido de imagens por RM de dois doentes diferentes (retirado de (Noblet, Heinrich et al. 2005)).  ... 100  Figura 4.23 – Visualização do campo de deformação numa malha regular localizada no plano inter‐hemisférico: (a) Imagem fonte,  (b) Grelha deformada sem qualquer limitação, (c) Grelha deformada com um constrangimento positivo no Jacobiano ( 0), (d)  Grelha deformada com um constrangimento 0.5 2 (retirado de (Noblet, Heinrich et al. 2005)). ... 101  Figura 4.24 – Ilustração do alinhamento de duas curvas com “super‐curva” (retirado de (Xia and Liu 2004)). ... 101  Figura 4.25 – Alinhamento de imagem com ponderação em DP com outra ponderada em T1 (retirado de (Xia and Liu 2004))... 102  Figura 4.26 – Exemplo de alinhamento com B‐Splines hierárquicas (retirado de (Xie and Farin 2004)). ... 102 

Figura  4.27  –  Alinhamento  robusto  de  imagens  2D  de  uma  mesma  modalidade  para  a  análise  da  evolução  das  lesões  de  EM  (retirado de (Nikou, Heitz et al. 1999)). ... 103 

Figura 4.28 – Detecção de alterações em imagens multimodais considerando um modelo estatístico das intensidades numa janela  ( ) 3D centrada em s (retirado de (Bosc, Heitz et al. 2003)). ... 104 

Figura 4.29 – Detecção de alterações em pequenas lesões de EM (retirado de (Rousseau, Faisan et al. 2007)). ... 105 

Figura  4.30  –  Mapas  contendo  a  proporção  dos  diferentes  tecidos:  a)  Matéria  branca,  b)  Matéria  cinzenta,  c)  Líquido  céfalo‐ raquidiano (retirado de (Bricq, Collet et al. 2008)). ... 105  Figura 4.31 – Interface do sistema computacional SPM. ... 106  Figura 4.32 – Função ems_mireg.m. ... 107  Figura 4.33 – Interface do pacote de software VelocityAI. ... 108  Figura 4.34 – Selecção da função para alinhar diferentes sequências de imagens por RM do mesmo exame. ... 109  Figura 4.35 – Interface para o alinhamento de imagens da aplicação MeVisLab. ... 110  Figura 4.36 – Interface da aplicação iMIPS... 111  Figura 4.37 – Função register2d.m. ... 111  Figura 4.38 – Exemplo de resultados obtidos com o sistema computacional Image Registration. ... 112  Figura 4.39 – Automatic Registration Tool da PHILIPS. ... 112  Figura 4.40 – Resolução do alinhamento de imagens com 3D Slicer. ... 113  Figura 4.41 – Aplicação Brain Register do BioImage Suite. ... 114  Figura 4.42 – Plugin TurboReg para a aplicação ImageJ. ... 114  Figura 5.1 – Corte axial das amostras escolhidas para este estudo. ... 120  Figura 5.2 – Histograma de distribuição de intensidades das amostras escolhidas para este estudo. ... 122  Figura 5.3 – Interface gráfica do CMake versão 2.8.0. ... 123  Figura 5.4 – Exemplo de uma estrutura de pipeline usada para o alinhamento (retirado de (Ibánez, Schroeder et al. 2005)). ... 124  Figura 5.5 – Diagrama de herança da classe itk::ImageIOBase. ... 126  Figura 5.6 – Pipeline usado para o alinhamento das imagens. ... 139  Figura 5.7 – Exemplo de uma grelha B‐Spline com as deformações nos nós (retirado de (Ibánez, Schroeder et al. 2005)). ... 140 

Figura  5.8  –  Imagens  com  desalinhamento  conhecido:  (a)  Imagem  original,  (b)  Com  translação  de  13  mm  em  x,  17  mm  em  y  e  rotação de 10º, (c) Com translação de 13 mm em x, 17 mm em y, rotação de 10º e factor de escala 12, (d) Com translação de 13  mm em x e 17 mm em y, (e) com escala distinta (181x217 píxeis). ... 145  Figura 5.9 – Alinhamento das imagens do conjunto (1) ‐ algoritmo (A): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 150  Figura 5.10 – Alinhamento das imagens do conjunto (1) ‐ algoritmo (B): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 150  Figura 5.11 – Alinhamento das imagens do conjunto (1) ‐ algoritmo (C): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 150  Figura 5.12 – Alinhamento das imagens do conjunto (1) ‐ algoritmo (D): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 150  Figura 5.13 – Alinhamento das imagens do conjunto (1) ‐ algoritmo (E): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 151  Figura 5.14 – Alinhamento das imagens do conjunto (1) ‐ algoritmo (F): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 151  Figura 5.15 – Alinhamento das imagens do conjunto (2) ‐ algoritmo (A): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 153  Figura 5.16 – Alinhamento das imagens do conjunto (2) ‐ algoritmo (B): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 153  Figura 5.17 – Alinhamento das imagens do conjunto (2) ‐ algoritmo (C): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 154  Figura 5.18 – Alinhamento das imagens do conjunto (2) ‐ algoritmo (D): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 154  Figura 5.19 – Alinhamento das imagens do conjunto (2) ‐ algoritmo (E): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 154  Figura 5.20 – Alinhamento das imagens do conjunto (2) ‐ algoritmo (F): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 154  Figura 5.21 – Alinhamento das imagens do conjunto (3) ‐ algoritmo (A): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 156  Figura 5.22 – Alinhamento das imagens do conjunto (3) ‐ algoritmo (B): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 156  Figura 5.23 – Alinhamento das imagens do conjunto (3) ‐ algoritmo (C): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 157  Figura 5.24 – Alinhamento das imagens do conjunto (3) ‐ algoritmo (D): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 157  Figura 5.25 – Alinhamento das imagens do conjunto (3) ‐ algoritmo (E): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 157  Figura 5.26 – Alinhamento das imagens do conjunto (3) ‐ algoritmo (F): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 157  Figura 5.27 – Alinhamento das imagens do conjunto (4) ‐ algoritmo (A): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 159  Figura 5.28 – Alinhamento das imagens do conjunto (4) ‐ algoritmo (B): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 159  Figura 5.29 – Alinhamento das imagens do conjunto (4) ‐ algoritmo (C): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 160  Figura 5.30 – Alinhamento das imagens do conjunto (4) ‐ algoritmo (D): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 160  Figura 5.31 – Alinhamento das imagens do conjunto (4) ‐ algoritmo (E): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 160  Figura 5.32 – Alinhamento das imagens do conjunto (4) ‐ algoritmo (F): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 160  Figura 5.33 – Alinhamento das imagens do conjunto (5) ‐ algoritmo (A): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 162  Figura 5.34 – Alinhamento das imagens do conjunto (5) ‐ algoritmo (B): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 162 

(15)

Figura 5.35 – Alinhamento das imagens do conjunto (5) ‐ algoritmo (C): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 163  Figura 5.36 – Alinhamento das imagens do conjunto (5) ‐ algoritmo (D): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 163  Figura 5.37 – Alinhamento das imagens do conjunto (5) ‐ algoritmo (E): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 163  Figura 5.38 – Alinhamento das imagens do conjunto (5) ‐ algoritmo (F): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 163  Figura 5.39 – Alinhamento das imagens do conjunto (6) ‐ algoritmo (A): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 165  Figura 5.40 – Alinhamento das imagens do conjunto (6) ‐ algoritmo (B): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 165  Figura 5.41 – Alinhamento das imagens do conjunto (6) ‐ algoritmo (C): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 166  Figura 5.42 – Alinhamento das imagens do conjunto (6) ‐ algoritmo (D): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 166  Figura 5.43 – Alinhamento das imagens do conjunto (6) ‐ algoritmo (E): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 166  Figura 5.44 – Alinhamento das imagens do conjunto (6) ‐ algoritmo (F): (a) Métrica, (b) Campo de deformação. ... 166  Figura 5.45 – Pipeline para o alinhamento das imagens usando o algoritmo desenvolvido. ... 173  Figura 5.46 – Alinhamento resultante: (a) Imagem móvel após o alinhamento,  (b) Diferenças entre as imagens original e móvel  após alinhamento. ... 185  Figura 5.47 – Alinhamento das imagens do conjunto (1): (a) Métrica, (b) Ângulo de rotação, (c) Translações. ... 185         

(16)
(17)

   

ÍNDICE DE TABELAS 

 

Tabela 5.1 – Características das imagens usadas. ... 121  Tabela 5.2 – Classes do ITK para implementar transformações, métricas, interpolações e optimizadores. ... 129  Tabela 5.3 – Características e técnicas genéricas dos exemplos disponíveis na versão analisada do ITK. ... 131  Tabela 5.4 – Principais tarefas desempenhadas pelos exemplos disponíveis na versão analisada do ITK. ... 133  Tabela 5.5 – Classes do ITK para implementar alguns dos algoritmos usadas no alinhamento. ... 135  Tabela 5.6 – Linhas a alterar em DeformableRegistration2.cxx para realizar alinhamento 3D. ... 136  Tabela 5.7 – Conjunto de imagens a alinhar e diferenças iniciais entre elas. ... 144  Tabela 5.8 – Resultado do alinhamento das imagens do conjunto (1) pelos algoritmos (A) a (F). ... 148  Tabela 5.9 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo alinhamento das imagens do conjunto (1). ... 149  Tabela 5.10 – Resultado do alinhamento das imagens do conjunto (2) pelos algoritmos (A) a (F). ... 152  Tabela 5.11 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo alinhamento das imagens do conjunto (2). ... 153  Tabela 5.12 – Resultado do alinhamento das imagens do conjunto (3) pelos algoritmos (A) a (F). ... 155  Tabela 5.13 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo alinhamento das imagens do conjunto (3). ... 156  Tabela 5.14 – Resultado do alinhamento das imagens do conjunto (4) pelos algoritmos (A) a (F). ... 158  Tabela 5.15 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo alinhamento das imagens do conjunto (4). ... 159  Tabela 5.16 – Resultado do alinhamento das imagens do conjunto (5) pelos algoritmos (A) a (F). ... 161  Tabela 5.17 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo alinhamento das imagens do conjunto (5). ... 162  Tabela 5.18 – Resultado do alinhamento das imagens do conjunto (6) pelos algoritmos (A) a (F). ... 164  Tabela 5.19 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo alinhamento das imagens do conjunto (6). ... 165  Tabela 5.20 – Parâmetros de saída finais produzidos pelo algoritmo desenvolvido. ... 185         

(18)
(19)

   

ACRÓNIMOS 

 

AIR – automated image registration  ANIMAL – automatic nonlinear image matching and anatomical labeling  CC – coeficiente de correlação (correlation coefficient)  CMake – cross plataform make  cMI – informação mútua condicional (conditional mutual information)  CT – tomografia computorizada (computed tomography)  DICOM – comunicação de imagens digitais em medicina (digital imaging and communications  in medicine)  DP – densidade de protões (proton density)  EC – entropia conjunta (joint entropy)  EM – esclerose múltipla (multiple sclerosis) 

EMPP  (ou  PPMS)  –  esclerose  múltipla  primária  progressiva  (primary  progressive  multiple  sclerosis) 

EMPR  (ou  PRMS)  –  esclerose  múltipla  progressiva  recorrente  (progressive  relapsing  multiple  sclerosis) 

EMRR  (ou  RRMS)  –  esclerose  múltipla  recorrente  remissiva  (relapsing  remitting  multiple  sclerosis) 

EMSP  (ou  SPMS)  –  esclerose  múltipla  secundária  progressiva  (secondary  progressive  multiple  sclerosis)  EMS – expectation‐maximization segmentation  FFD – deformação de forma livre (free form deformation)  FLAIR – fluid attenuated inversion recovery  FRFSE – fast recovery fast spin echo  H – entropia marginal (marginal entropie)  HAMMER – hierarchical attribute matching mechanism for elastic registration  HC – histograma conjunto (joint histogram)  HMC – hidden markov chain  ICP – iterative closest point  IM – informação mútua (mutual information)  IRMf – imagem por ressonância magnética funcional (functional magnetic resonance imaging)  IRTK – image registration toolkit  ITK – insight toolKit  LCR – líquido cefalorraquidiano (cerebrospinal fluid)  MSD – média quadrada das diferenças (mean squared difference)  NEMA – national electrical manufacturers association  NMI – informação mútua normalizada (normalized mutual information)  PET – tomografia por emissão de positrões (positron emission tomography)  RF – radiofrequência   RMN – ressonância magnética nuclear (nuclear magnetic resonance)  RMS – root mean squared  SNC – sistema nervoso central (central nervous system)  SNP – sistema nervoso periférico (peripheral nervous system) 

(20)

SPECT  –  tomografia  por  emissão  mono‐fotónica  (single  photon  emission  computed  tomography)  SPM – statistical parametric mapping  SSD – soma dos quadrados das diferenças (sum of squared difference)  TE – tempo de eco (echo time)  TPS – thin‐plate splines  TPS‐RPM – thin plate spline ‐ robust point matching  TR – tempo de repetição (repetition time)  VTK – visualization toolkit   

(21)

                             

CAPÍTULO I – Introdução à Dissertação e à sua estrutura 

 

 

 

(22)

   

(23)

1.1.

A ferra tanto image frequ result cada  conce opera D huma ofere posit magn (corte (sequ partic as im U com o 2010 saxón image difere senso entre minim uma  que p Main esque espac A prátic

Enquad

A  imagiologia mentas  colo o  no  auxílio  ens em duas uentemente  tado,  a  cres doente mas eber  métod ador) para a  Determinada ano,  como  p ecem um ace rões  (PET)  nética  funcio e  radiológic uências ecog cularidades d magens result

Uma  das  prin o estudo e o ). Este probl nica  surge  g ens,  ou  me enças devido ores,  etc.),  o e  as  imagen mizadas (Bro transformaç permite map tz  and  Vie ematicamen cial do ponto Figura A  necessidad cos  nas  ma

dramento 

a  médica,  na ocadas  ao  se ao  diagnós s ou mais dim dificuldades scente  quant s origina um dos  automát análise, o pr s  modalidad por  exemplo esso ao meta ou  mesmo  onais  (IRMf) co  convencio gráficas tridim das diversas  tantes de cad ncipais  taref o tratamento ema é conhe eralmente  i esmo  uma  o, por exemp o  alinhament ns  de  tal  f own 1992). A ção espacial  pear pontos  ergever  199 nte  na  Figura

o numa segu

a 1.1 – Represent

de  de  efectu ais  diversas  a  actualidade erviço  dos  m stico  como  mensões, dev s  no  esclare tidade  de  da  tempo de e ticos  ou  sem rocessament des  de  imag o  as  imagens abolismo bio

a  informaç   (Nikou,  He onal)  ou  tri mensionais). modalidade da uma delas fas  existente o de diversas ecido por ali dentificado  sequência  d plo, ao proce to  fundamen forma  que  A finalidade  entre duas o de uma dela 8;  Hajnal,  a  1.1,  onde  nda imagem tação esquemáti

uar  o  alinha áreas,  inclu e,  desempen médicos,  e  u na  decisão  vem ainda se ecimento  de ados  permit estudo supe mi‐automáti to e a interp ens  médicas s  por  resson ológico dos ó ções  funcion eitz  et  al.  19 idimensiona

 Disto sobre es, é frequen

s. 

es  no  proces s imagens nu nhamento d pelos  termo delas  de  u esso de aquis nta‐se  em  te as  discrep do alinhame ou mais ima as para os ho

Hill  et  al.    é  a  trans m. 

ca do conceito de

amento  de  uindo  a  mé

nha  um  imp usadas  na  ex da  terapêut er interpreta   determinad te  entender  rior, o que o icos  (com  u retação das  s  permitem  nância  magn órgãos, como nais,  como  999).  Certas 

is  (as  de  R essai que, pa temente nec samento  de um referenci de imagens, s os  registratio ma  mesma  sição (diverg entar  obter  âncias  exist ento resume agens, de mo omólogos na 2001).  Est formação  qu e alinhamento (re imagens  ap dica,  sendo ortante  pap xploração  do tica.  Uma  v adas e exami das  estrutur melhor  o  c ocasiona um uma  interve imagens.  aceder  à  an nética  (RM),  o a tomograf as  imagens  imagens  sã RM)  e  até  t ra os médico cessário com   imagens  m al comum (K sendo que na on  ou  alignm estrutura,  ência tempo uma  relação tentes  sejam e‐se assim à  odalidades ig a outra (Else te  conceito  ue  interpret etirado de (Yoo 2 arece  em  m nesta  últim

pel  na  panóp o  corpo  hum vez  adquirid inadas, o que ras  presente caso  específi ma necessida enção  mínim natomia  do  enquanto  o fia por emiss   por  resson ão  bidimens tetradimens os usufruíre mparar e com édicas,  pren Klein, Staring a literatura a ment.  Dadas que  aprese oral, de ângu o  de  concord m  eliminada determinaç guais ou dist en, Pol et al.  é  represe ta  o  mapeam

2004)).  muitos  prob ma  comumm plia  de  mano,  as,  as  e gera  s.  Em  co  de  de de  ma  do  corpo  outras  são de  nância  ionais  ionais  m das  mbinar  nde‐se  g et al.  anglo‐ s  duas  entam  ulo, de  dância  as  ou  ção de  tintas,  1993;  ntado  mento  lemas  mente 

(24)

neces difere temp para  image para  aquis estru de  ca virtua D ser p seja,  tamb P image ser  c expõe cinze image verifi F N defin alinha espaç ao sis image coloc (em  entan perfe   ssário  para  entes  senso pos  ou  circun

inferir  infor ens é necess fundir  (fus sição de imag turas, para p asos  previam ais, etc. (Hajn De realçar qu recisos, robu aplicáveis  a bém ser auto Para  melhor  ens cerebrai orrespondid e  esta  últim

nto  nos  can em  fonte  e cando‐se na (a)  Figura 1.2 – Exem alinhamento, ( Na área médi ir o diagnós adas  permit çadas no tem stema de im ens.  Neste  c cação  em  co imagens  trid nto,  a  mai eitamente ríg a  integraç ores/modalid nstâncias  dis rmação  3D  ( sário, por ex sion)  a  info gem, para m preparar inte mente  estud nal, Hill et al ue para ser c ustos, isto é, a  divergente omáticos e rá entender  o is, (a) e (b), o a  (imagem  f ma  já  alinha tos).  Nas  im e  a  de  refe  representaç   (b) mplo de alinhamen (d) Diferença orig ica, pela aná tico de algum te  apoia‐los  mpo de uma  agem, logo,  caso,  o  alinh orrespondênc dimensionais oria  das  e gidas. 

ção  das  info dades,  para  stintos,  para (Brown  1992 emplo, para rmação  com monitorizar o  ervenções ci dados  (Atlas . 2001).  linicamente  , adaptáveis  s  situações  ápidos.  o  alinhamen obtidos atrav fixa)  pela  (b ada  após  a  magens  (d)  e  erência  ante ção da direit     nto de imagens d ginal, (e) Diferenç lise visual de mas patolog numa  análi estrutura ríg as suas suce hamento  con cia  dos  píxe s  –  3D)  que estruturas,  e ormações  f encontrar  d a  reconhecer 2).  Basicame a estudar a e mplementar  tamanho, a  rúrgicas, par s),  para  esta útil, os algor a diferentes (Loi,  Domin

to  de  image vés de uma  b),  ou  seja,  e

aplicação  d (e),  aparece es  do  alinha a, a sobrepo (c)  do cérebro: (a) Im ça após alinhame e imagens or gias, mas o e se  mais  pre gida, esta ra essivas repre nsiste  em  ca is  (em  imag e  representa

especialmen

funcionais  e diferenças  e r  estruturas  ente,  na  áre evolução de u obtida  por forma e a v ra comparar abelecer  cor ritmos de ali s graus de d ietto  et  al. 

ens,  a  Figur mesma mod esta  é  a  ima das  transfor em,  respecti amento  e  a osição das du   magem fonte, (b)  ento (retirado de  riginais, os m estudo das m ecisa  e  robu

ramente tem sentações es alcular  a  tra ens  bidiome am  pontos  f nte  no  cam

e/ou  anatóm ntre  imagen baseando‐se ea  médica,  o uma patolog r  diferentes  ariação ao lo um dado ca rrespondênc nhamento d esalinhamen 2008).  Ideal ra  1.2  mostr alidade. A im agem  a  alinh rmações  env vamente,  a  após  o  mes uas imagens.    (d)  Imagem a alinha (Ibánez, Schroed médicos têm  mesmas imag

sta.  De  fact m uma posiçã stão localizad nsformação  ensionais  –  2 fisicamente  mpo  da  me micas  obtida ns  adquirida e  em  model o  alinhamen gia num indiv modalidade ongo do tem aso com uma cias  com  mo de imagens d nto, e flexíve lmente,  dev

ra  dois  cort magem (a) te har.  A  image volvidas  (zo diferença  en smo  alinham   (e)  r, (c) Imagem apó der et al. 2005)).  a possibilida gens devidam to,  nas  aqui

ão fixa em re das em difer o  que  possib 2D)  ou  dos  v equivalente edicina,  não as  de  as  em  los  ou  nto  de  víduo,  es  de  mpo de  a base  odelos  devem  eis, ou  veriam  tes  de  em de  em  (c)  nas  a  ntre  a  mento,    ós  ade de  mente  sições  elação  rentes  ilita  a  vóxeis  es.  No  o  são 

(25)

1.2. Motivação e objectivos 

Esta Dissertação abordou a problemática do alinhamento de imagens de doentes atingidos  por  esclerose  múltipla  (EM)  ou  esclerose  em  placas.  Esta  doença  neurológica  crónica,  de  causas  ainda  pouco  conhecidas  e  com  sintomas  que  rapidamente  podem  limitar  a  qualidade  de  vida  do  doente,  é  bastante  generalizada  em  jovens  adultos  nos  países  ocidentais  (Kutzelnigg, Lucchinetti et al. 2005). As imagens por RM permitem uma boa discriminação dos  tecidos  moles  na  identificação  de  lesões  (Yoo  2004),  sendo  usadas  pelos  médicos  para  a  obtenção  de  elementos  complementares  aos  exames  clínicos,  por  exemplo,  para  a  confirmação  de  diagnóstico,  para  a  avaliação  dos  tratamentos  e  para  o  auxílio  à  análise  da  evolução temporal típica da patologia em estudo. 

A principal meta definida neste trabalho foi de proceder, através da utilização de imagens  por RM, ao alinhamento de estruturas representadas neste tipo de imagens, quando sujeitas a  modificações  temporais.  O  mapeamento  é  assim  essencial  para  a  extracção  de  informação  objectiva  e  quantitativa,  tal  como,  sobre  o  volume  de  um  tumor  ao  longo  do  tempo  (Brown  1992). Para o caso da EM, a variação temporal (anatómica ou patológica) anual esperada das  lesões  é  de  cerca  de  5  a  10%  (Hajnal,  Hill  et  al.  2001),  com  flutuações  mensais,  isto  é,  variabilidade  biológica,  de  10  a  20%  (Grimaud,  Zhu  et  al.  2002).  Por  este  motivo,  a  medição  quantitativa dos efeitos desta doença é indispensável (Grimaud, Zhu et al. 2002), e importante  para  o  conhecimento  da  quantidade  de  lesões  presentes  e  quantas  dessas  surgem  ou  desaparecem  entre  duas  aquisições  sucessivas  de  imagem.  Desta  forma,  é  possível  obter  dados  da  carga/volume  de  lesões,  bem  como,  sobre  a  sua  evolução  temporal  e  daí,  por  exemplo, melhor entender a patologia ou medir a eficácia de um tratamento. 

Neste trabalho, pretendeu‐se especificamente: 

 Estabelecer  os  parâmetros  importantes  no  estudo  do  alinhamento  de  estruturas  em imagens médicas; 

 Identificar,  estudar  e  apresentar  algumas  metodologias  computacionais  usualmente  aplicáveis  ao  alinhamento  de  estruturas  em  imagens  médicas  do  cérebro; 

 Explorar  as  vantagens  e  os  inconvenientes  de  algumas  das  metodologias  computacionais  estudadas,  dando  especial  ênfase  às  mais  adequadas  para  o  diagnóstico e o acompanhamento dos doentes com esclerose múltipla a partir de  imagens por ressonância magnética; 

 Analisar,  descrever  e  ensaiar  algumas  das  implementações  computacionais  disponíveis,  com  dados  simulados  e  em  casos  experimentais  reais,  usando  a  biblioteca  computacional  de  domínio  público  Insight  ToolKit  (ITK),  que  é  considerada frequentemente nesta área da análise de imagem médica; 

 Desenvolver,  com  o  auxílio  da  biblioteca  ITK,  um  algoritmo  para  testar  o  alinhamento  de  imagens  por  RM  obtidas  aquando  do  acompanhamento  da  evolução das lesões de esclerose múltipla em doentes. 

(26)

Para  o  cumprimento  dos  objectivos  referidos  estiveram  sempre  presentes  as  considerações seguintes:   Actualmente, existem diversas ferramentas ou pacotes de software, que efectuam  ou incluem a possibilidade de realizar o alinhamento de imagens (ver secção 4.5);   A esclerose múltipla é uma patologia de elevada prevalência e de grande impacto  na mortalidade em todo o mundo, especialmente nos jovens adultos; 

 Ter  como  propósito  oferecer  à  comunidade  científica,  no  término  desta  Dissertação,  uma  ferramenta  funcional  que  contribua  no  auxílio  ao  diagnóstico  e  ao  acompanhamento,  eficiente  e  ágil,  de  doentes  portadores  de  esclerose  múltipla. Assim, esperou‐se obter uma solução útil e viável para o alinhamento de  estruturas em imagens médicas. 

Assim,  a  motivação  deste  trabalho  resultou  da  necessidade  em  desenvolver,  aplicar,  ensaiar  e  analisar  metodologias  computacionais  para  alinhar  estruturas  representadas  em  imagens  médicas,  e  da  indispensabilidade  em  obter  técnicas  robustas  para  alcançar  alternativas ao alinhamento manual, que é uma tarefa tediosa, consumidora de muito tempo,  não  confiável  e  não  repetível.  Com  a  conclusão  deste  projecto,  pretendeu‐se  apresentar  um  complemento  aos  estudos  médicos  no  auxílio  ao  diagnóstico  e  ao  acompanhamento  de  doentes com EM. 

 

1.3. Plano de trabalho 

A metodologia adoptada para a realização deste trabalho baseou‐se, primordialmente, nas  seguintes etapas: 

 Revisão  bibliográfica  dos  conceitos  associados  à  análise  e  processamento  de  imagem, em particular no alinhamento de imagens;   Estudo da esclerose múltipla;   Análise detalhada de técnicas e algoritmos usualmente aplicados no alinhamento  de imagens médicas;   Estudo da linguagem C++ e da biblioteca ITK;   Análise, descrição e ensaio de implementações computacionais presentes no ITK;   Desenvolvimento  e  teste  de  um  algoritmo  para  o  alinhamento  de  imagens  de 

doentes com esclerose múltipla; 

 Redacção deste relatório de Dissertação.   

(27)

1.4. Estrutura organizativa 

O  presente  documento  encontra‐se  dividido  em  vários  capítulos,  que  abordam  desde  conceitos teóricos, a resultados experimentais da utilização/implementação de algoritmos. 

Após  esta  primeira  secção,  na  qual  foi  elaborada  uma  introdução  ao  trabalho  desenvolvido,  aos  seus  objectivos  e  à  estrutura  adoptada  para  esta  Dissertação,  surge  o  capítulo seguinte, com o título “Esclerose múltipla”, que de uma forma sucinta apresenta uma  descrição da patologia abordada, permitindo assim entender as motivações que conduziram à  utilização  de  técnicas  computacionais  para  o  alinhamento  de  imagens  de  ressonância  magnética  cerebrais.  De  seguida,  introduz‐se  sumariamente  as  imagens  por  ressonância  magnética com a finalidade de perceber a sua formação, de caracterizar o seu conteúdo e de  entender a sua relação com a doença considerada. Seguidamente, procede‐se à descrição dos  diversos  aspectos  relacionados  com  o  alinhamento  de  imagens,  articulando  estes  propósitos  em  torno  dos  critérios  que  permitem  caracterizar  os  métodos  computacionais  analisados.  Depois, surge a parte desta Dissertação dedicada ao ensaio experimental de algoritmos para o  alinhamento  de  imagens  cerebrais  de  doentes  com  esclerose  múltipla  tendo  por  base  a  biblioteca  ITK.  Este  capítulo  incorpora  ainda  uma  apresentação,  na  forma  de  mapas  estatísticos, e discussão dos principais resultados obtidos. Para terminar, inclui‐se o capítulo VI  no qual é apresentada uma apreciação global do trabalho desenvolvido e abordadas algumas  propostas/perspectivas para desenvolvimento futuro. 

O  presente  relatório  encontra‐se  estruturado  de  modo  a  que  os  conceitos  e  resultados  apresentados  possam  ser  correctamente  interpretados,  tendo  por  base  a  informação  precedente.  Assim,  os  três  capítulos  seguintes,  apresentam  os  fundamentos  teóricos  (estado  da  arte)  nos  quais  todo  este  trabalho  se  alicerça.  Desta  forma,  esta  Dissertação  aparece  constituída pelos seguintes capítulos:   CAPÍTULO I – Introdução à Dissertação e à sua estrutura;   CAPÍTULO II – Esclerose múltipla;   CAPÍTULO III – Imagem por Ressonância Magnética;   CAPÍTULO IV – Técnicas de Alinhamento de Imagens Médicas;   CAPÍTULO V – Análise experimental;   CAPÍTULO VI – Considerações finais e Perspectivas futuras.   

1.5. Principais contribuições 

As principais contribuições que resultam deste projecto enquadram‐se por um lado, num  plano  teórico,  onde  se  insere  o  trabalho  de  análise  e  síntese  realizado  a  partir  do  estudo  da  bibliografia  relevante  às  temáticas  abordadas,  e  por  outro,  num  aspecto  prático,  onde  se  incluem  as  tarefas  de  âmbito  experimental  realizadas.  Desta  forma,  pode‐se  destacar  que  as  contribuições alcançadas com este trabalho prendem‐se essencialmente com: 

(28)

 A  contextualização  das  etapas  e  das  metodologias  para  o  alinhamento  de  estruturas em imagens médicas de doentes com esclerose múltipla; 

 O levantamento de soluções computacionais para esta área; 

 O ensaio, a aplicação e a comparação de metodologias genéricas e usuais para o  alinhamento  de  estruturas  representadas  em  imagens  de  doentes  com  esclerose  múltipla; 

 O desenvolvimento baseado na utilização da biblioteca ITK, de um algoritmo para  testar  o  alinhamento  de  imagens  por  ressonância  magnética  obtidas  de  doentes  com esclerose múltipla. 

     

(29)

                             

CAPÍTULO II – Esclerose múltipla 

     

(30)

 

(31)

2.1.

A ser ai mais  forma a  info patol mieli nervo cicatr doen doen progr O entre de  m exem com  acarr N dime amar doen distin branc (b),  a desm uma 

Introdu

A  esclerose  m inda não tot comum  do  ado pelo enc ormação  sen ogia caracte na,  que  des osas do siste rizes que se  ça que norm ça  desmieli ressiva (Mur Os sintomas d e pessoas, e  manifestação  mplo, a fraqu mais de 45 a retar, entre o Na  EM,  o  nú nsão,  de  alg relada  ou  cin te para outr ntas.  A  Figu cas) mais ge as  zonas  de mielinização,  substância n

ução 

múltipla  (EM talmente con sistema  ner céfalo e pela nsorial  e  de  eriza‐se esse empenha  fu ema nervoso formam dep malmente pre nizante  reco ray 2005).  da esclerose afectando p da  doença, eza muscula anos se que outras, a par úmero,  a  mo guns  milímet nzenta  rosad ro ou mesmo ra  2.1  most néricas da e e  elevado  si termo  usad na matéria br Fig M),  patologia  nhecidos, con rvoso  centra a medula esp controlo  da ncialmente  nções  impo o central.  Mi pois de pass evalece em d orrente  da  e múltipla po praticamente ,  desde  o  co ar ao esforço ixam (Clanet alisia de mem orfologia,  fre

tros  a  vários da,  podem  v o entre difere

tra  no  plano sclerose mú inal  visíveis  o  para  defin ranca que iso gura 2.1 – Aspect (retirado de  com  muitos nsiste na do al  (SNC)  (Wa pinal, sendo  as  ordens  “m pela destrui rtantes  nas  ilhões de tec sada a inflam doentes no  matéria  bra odem ser bas e todas as fu ontrolo  dos  o é geralmen t and Lyon‐C mbros ou me equentemen s  centímetro variar  no  tem

entes cortes o  axial,  algu últipla no cér na  substân nir  a  perda 

ola as termin to típico das lesõe (Doyon, Cabanis s  aspectos  c ença inflama attjes  and  B o centro de  motoras”  da ção ou pelo  trocas  inter cidos nervos mação são co início da ida anca  no  SN stante grave unções bioló movimento nte o primeir Caen 1998). A esmo a perd nte  ovular,  a os  de  diâmet mpo  (Clanet 

 imagiológic umas  das  fo rebro. Por ex ncia  branca 

ou  a  danific nações dos n   es de EM no cére s et al. 2004)).  omplexos  e  atória/desmi arkhof  2009 comando qu das  aos  mú endurecime neuronais  e  sos podem s onhecidas po de adulta. A C,  que  gera s, variando s ógicas de aco os  à  percepç o sintoma d Assim, a sua a da visão.  a  localização

tro,  e  a  colo and  Lyon‐Ca os obtidos at rmas  (assina xemplo, nest subcortical  ação  das  ba nervos.  bro  que  continu ielinizante cr 9).  Este  siste ue interpreta sculos.  A  re ento da bain recobre  as  ser afectado or esclerose Assim, a EM é almente  se  significativam ordo com a f ção  sensoria o qual os do a progressão o  (Brown  19 oração  das  le aen  1998),  d través de té aladas  com  ta figura, em

são  as  áre ainhas  de  m uam  a  rónica  ema  é  a toda  ferida  nha de  fibras  s  e as  e, uma  é uma  torna  mente  forma  al.  Por  oentes  o pode  92),  a  esões,  de  um  cnicas  setas  m (a) e  as  de  ielina, 

(32)

A adult comu super E conte preva final d  

2.2.

Je proce comp patol autóp cinze tremo como deriv mead D impo

Após  a  epile tos,  iniciando um  os  30  an rior nas mulh Este  capítul extualização  alências e tip do capítulo, 

Noções

ean‐Martin  edeu  em  18 pleta, Figura  ogia  actualm psia  de  jove

ntas  espalh ores  dos  da o  sendo  bast a  do  germâ dos do século Figura 2.2 – Retra (retirado  De  salientar  rtantes no a  A des que é nervo parte impu contr  A  pro neuro

psia,  a  EM  o‐se  geralme nos,  atingind heres (Murra o  aborda  histórica  da pos, e finalm é apresenta

s histórica

Charcot,  Fig 868,  conjun 2.3, com lim mente  conh ens  doentes  adas  na  me a  Doença  de tante  raros  ânico  multip o XX (Murray ato de Jean‐Mart de (Murray 2005 que,  na  su ctual estudo struição ou o é a bainha is osas e que p es  do  corpo lsos  ao  cére rolo de várias oliferação  d onais do siste é  considerad ente  entre  o do  ambos  os ay 2005).  a  esclerose a  patologia,  mente termin da uma sínte

as 

gura  2.2,  ne tamente  co mites bastant ecida  por  e que  sofriam edula  espina e  Parkinson,  e  nomeou‐o len  sklerose y 2005). 

 

tin Charcot  5)).  a  análise  Ch o da EM, tais  o endurecim solante const ermite acele ,  sendo  que ebro  ao  nerv s funções org e  fibras  e  d ema nervoso

da  a  doença os  15  e  os  5 s  sexos,  mas e  múltipla. depois  proc na‐se com a  ese da inform eurologista  om  Edmé  V te imprecisos sclerose  mú m  de  tremor al  e  no  cér Charcot  ap os  de  scléros e  e  foi  apen

Figura harcot  estab  como (Murr mento, ou sej tituída por g erar a transm

e  este  forta vo  óptico  e  gânicas, tais de  núcleos  d o central que a  neurológic 50  anos,  ap s  com  uma  p   Assim,  in ede‐se  à  sua definição do mação expos francês  que ulpian,  à  p s (Grimaud, Z últipla.  Isto  s res  e  de  par ebro.  De  fo presentou‐os se  en  plaque nas  aceite  p a 2.3 – Ilustraçõe (retirado beleceu  aind ray 2005):  ja a transfor gorduras que missão dos im alecimento  i à  medula  e como a visã das  células  e dão suport

ca  que  mais  resentando  prevalência  nicialmente  a  descrição,  os critérios d sta. 

e  viveu  ent rimeira  desc Zhu et al. 20 sucedeu  apó ralisias,  a  pr orma  a  sepa   nas  suas  d e.  O  termo  e ela  generali es das lesões desc o de (Murray 200 da  muitas  d mação em p e envolve a m mpulsos nerv nterfere  na  espinal,  dific o, o andar e  da  glia,  que e e nutrição  s  afecta  os  j como  idade duas  a  três  efectua‐se  incluindo  ca de diagnóstic tre  1825  e  crição  histo 002), das lesõ ós  contemp resença  de  p arar  este  tip descrições  in esclerose  mú idade  a  par

critas por Charco 05)).  das  caracterí placas, da m maioria das  vosos às rest   transmissã cultando  ass e o falar; 

e  são  célula aos neuróni ovens  e  mais  vezes  uma  ausas,  co. No  1893,  ológica  ões da  lar  na  placas  po  de  niciais,  últipla  rtir  de 

 

t  ísticas  ielina,  fibras  tantes  o  dos  sim,  o  s  não  ios. 

(33)

A doen origin Figur A const ocorr actua trans variad (Clan E EM e como preva Medi D excep indiví país  d 1998 M introd

Antes  de  Cha ça. Destes, d nal  demonst

a 2.4. 

Ao  longo  do  tantes  e  va rendo,  essen alidade  os  es smitida de pa dos tipos de et and Lyon‐ Em 1938, G.  estava associ o  no  norte  d alência  para  iterrâneo ou Da  associaçã pcional  na  Á íduo negro,  de  incidênci ; Murray 200 Mesmo  com  duzidos na c arcot,  outro deve‐se real tração  da  p Figur século  e  me ariados,  dep ncialmente  specialistas  c ais para filho e vírus, etc.,  ‐Caen 1998;  Steiner foi u ado a factor da  Europa,  a  patologia  na América  Figura 2.5 – 

ão  da  EM  c Ásia  e  em  Á

e que o risco a  baixa  para 05).  os  grandes compreensão s  investigad çar o trabalh atologia,  be ra 2.4 – Ilustração (retira eio  seguinte pendendo  e na  área  mé considerem  os, e ambien não sendo  Murray 2005 um dos prim es regionais nos  Estados ,  comparativ do Sul.  Mapa da prevalê

com  os  fact África,  sendo o de desenvo a  um  de  inc

s  progressos o desta doen ores  obtiver ho de Rober em  como,  a o da EM efectuad ado de (Murray 2 ,  relatos  sob essencialmen édica.  Todo a  EM  como ntal, depende no entanto  5).  meiros a obse . Desta form s  Unidos  da  vamente  com ência da EM (retir ores  region o  apenas  e olver a doen idência  elev s  verificados nça que afec ram  informa rt Carswell, q   sua  primei da por Robert Car 2005)). 

bre  a  doença nte  dos  ava os  estes  pro   o  efeito  de endo do clim apenas o re ervar e a pro ma, em certas América  e  m  os  países  rado de (mult‐scl ais,  deve‐se m  1987  reg nça muda qu ada  ou  vice

s  na  medicin cta vários m ações  import que em 1838 ra  ilustração rswell 

a,  as  suas  ca anços  tecno ogressos  faz   uma  predis ma, modo de sultado de u opor que o p s zonas do p no  Canadá,  localizados 

 

erosis 2008)). e  realçar  qu gistado  o  pr ando um suj ‐versa  (Clane na,  poucos  milhões de pe tantes  sobre 8 apresentou o  (Murray  2 ausas,  etc.,  f ológicos  que zem  com  qu sposição  gen e vida, expos um simples  predomínio p laneta, Figur existe  uma em  redor  do

ue  esta  doe rimeiro  caso

jeito migra d et  and  Lyon

elementos  f essoas no m e  esta  u uma  2005),  foram  e  iam  ue  na  nética,  ição a  factor  para a  ra 2.5,  forte  o  Mar  nça  é  o  num  de um  ‐Caen  foram  undo, 

(34)

ating causa delica  

2.3.

A episó mais  indíci do  en consi os  sin diver facial preco A defin sistem axóni O comu

1  Tem p 2  Perm

indo  na  Eur a  continua  a ado. 

Descriç

A esclerose m ódios esporád tarde transf ios podem o ncéfalo  ou  d ste nos nerv nais  de  com sas, como, f l (Murray 20 oce e simples Apesar  de  te

ição  da  sua ma imunitári io (Grimaud, O  SNC  conté unicação ent  Um a cober veloc  Um c protu Figura 2.6 –

por função prote ite aos sinais ner ropa  uma  pr algo  encobe

ção da doe

múltipla é um dicos de disf formada em  ocorrer em q da  medula  e vos sensorio‐ ando  do  SN fraqueza nas 005). Uma ve s a posterior er  causas  inc a  origem  (M io1 processad , Zhu et al. 20 m  células  ne re os diverso xónio (axon) rto por uma  cidades e boa corpo celular uberâncias q – Estrutura esque

ger e facilitar a s rvosos eléctricos  revalência  d rta  (Clanet 

ença 

ma doença n função neuro progressão i ualquer área espinal,  sem ‐motores que C  aos  múscu  pernas, difi ez diagnostic r evolução do certas,  sendo Murray  2005) das no SNC e 002).  ervosas,  neu os neurónios ) que propag bainha de m a qualidade n r que contem ue se ligam a emática simplifica

obrevivência do i saltar de um nód de  1:1000  (W and  Lyon‐Ca neurológica q ológica, segu ininterrupta  a servida pel m  afectar  o  s e transmitem ulos.  Estes  s culdade em  ada, não há  o grau de de o  mesmo  a  ),  a  EM  apa e caracteriza urónios,  e  cé s. Um neurón ga o impulso mielina2 (mye na condução m numerosos aos neurónio ada de um neuró indivíduo, lutand dulo para o seguin Wattjes  and  aen  1998),  e que na maio uidos de rem (Kutzelnigg, los nervos m sistema  nerv m ao SNC os  sintomas  pro controlar a  parâmetros  eficiência (Gr área  mais  c arenta  envo adas pela que

élulas  da  glia nio típico, Fig o nervoso pro elin sheath) d o dos sinais n s dendritos ( os imediatam ónio típico (retira do contra os agen nte, sendo isto, a Barkhof  200 e  o  seu  diag

oria dos doen missão compl Lucchinetti  mielinizados d voso  perifér dados receb ovocam  nos  bexiga ou m clínicos para imaud, Zhu e controversa  lver  activida ebra na miel

a,  que  asseg gura 2.6, é co oveniente do de forma a a nervosos;  (dendrites), q mente vizinho

 

do de (mult‐scler tes patogénicos e  base de uma con 09).  Assim,  gnóstico  bas ntes, começa eta ou parci et al. 2005). da matéria b rico  (SNP).  O bidos pelo co doentes  rea mesmo, dorm a prever de f et al. 2002).  desta  patolo ades  anorma lina que env guram  tamb onstituído p o corpo celul assegurar ele que são peq os.  rosis 2008)).  externos.

 

ndução nervosa  a  sua  stante  a com  al, e é   Estes  branca  O  SNP  orpo e  acções  mência  forma  ogia  a  ais  do  olve o  ém,  a  or:  lar e é  evadas  uenas  rápida. 

(35)

N mieli que  exclu a  mie mieli impu temp neuro C neuro pode episó prolo nova N um  a glóbu imun destr imun adver lesõe N terap gravid possi  

2.4.

C escle Na  esclerose na  das  célul se  apresen sivamente n elina  é  remo na  deixam 

lso  é  transm po  do  que  se ológicos nor Como  a  loc ológicos asso rá  ser  poss ódio  transitó ongada, os ne mente resta Nos doentes  ataque  orqu ulos  brancos itário  não  c ruir os seus p itário  reage rsas,  produz es em diverso Na actualidad pêuticas  sint dade  dos  e bilidade de a

Formas

Classicament rose múltipl   múltipla,  o las  nervosas ntam  como na substância

ovida  ou  qua de  conduzir mitido  ao  lon e  tivesse  qu malmente se alização  das ociados pod

ível  a  resta ório  de  mani eurónios pod belecida.  com EM, a  estrado  por s,  desencade consegue  dis próprios teci e  contra  os  zindo  anti‐co os locais do S de, não exist tomáticas  qu episódios.  A atrasar o des

s de escler

e  pode‐se  a (mult‐scler s  processos  s,  sendo  esta o  placas  de a branca (Cla ando  ela  fic r,  ou  fazem‐ ngo  da  totali ue  saltar  de  entidos dura s  regiões  c e variar con uração  da  f festação  de  dem ser dest bainha de m r  parte  de  li eado  por  um stinguir  as  s dos, conduz constituinte orpos  dirigid SNC, Figura 2 Figura 2.7 – Lesã (retirado de  te nenhum t ue  permitem ssim,  existe senvolvimen

rose múlt

considerar  rosis 2008): inflamatório a  perda  con e  forma  b anet and Lyo a  muito  fina ‐no  mais  le idade  da  fib nódulo  par ante um ataq com  lesões  sideravelme função  neur   EM.  Contud truídos ante mielina que i infócitos  e  m m  fenómeno  suas  própria zindo assim a es  do  organ dos  a  esse  c

2.7.  o de EM no hem (Clanet and Lyon tratamento  m  alterar  o  e  melhoria  nto desta enf

ipla 

a  existênci os  danificam nhecida  por  bastante  irr on‐Caen 199 a  na  região.  ntamente,  o bra  nervosa,  a  nódulo,  o que de EM.  é  imprevisí ente. Uma ve rológica,  est

do,  em  caso s da capa pr sola as fibra macrófagos,  imunológico as  células  d a uma doenç nismo  como combate.  Co

 

isfério do cérebro n‐Caen 1998)).  eficaz para e seu  curso,  na  qualidad fermidade. 

ia  de  quat

m  ou  destroe desmieliniza egular  e  q 98), tornam‐s Os  axónios  os  sinais  elé o  que  demo que  se  trad

ível  a  natu ez desaparec

ando‐se  na  os  de  desmie

otectora de 

s nervosas t que  são  dif o.  Isto  signifi as  estranha ça auto‐imun   se  eles  fo omo  resultad o  esta patolog diminuindo  de  de  vida 

ro  variedad

em  as  bainh ação.  Estas  l que  predom se visíveis qu que  ficam  s éctricos.  Ass ora  bastante duz  nos  sint

reza  dos  d cida a inflam presença  d elinização  gr mielina pod torna‐se o al ferentes  tip ica  que  o  sis s  e  daí,  ata ne onde o sis ossem  substâ do,  surgem  gia, há no en a  frequênci do  doente  des  principa has  da  lesões  minam  uando  sem  a  sim,  o  e  mais  tomas  éfices  mação,  de  um  rave  e  der ser  lvo de  os  de  stema  acar  e  stema  âncias  então  ntanto  ia  e  a  e  há 

(36)

i. Recorrente remissiva (EMRR ou RRMS): 

 Forma mais comum e ocorre em aproximadamente 40% dos casos; 

 Caracterizada  por  surtos,  também  conhecidos  como  exacerbações,  durante  os  quais novos sintomas podem aparecer e alguns mais antigos voltam a ressurgir ou  a piorar; 

 Surtos  seguidos  por  períodos  de  remissão,  durante  os  quais  o  doente  recupera  integralmente ou parcialmente recupera dos surtos adquiridos durante a recaída;   Tipo de sintomas é muito vasto, porque depende da parte do SNC afectado.  ii. Secundária progressiva (EMSP ou SPMS): 

 Surge  em  cerca  de  25%  dos  doentes  que  têm  EMRR  e  é  expressa  por  uma  constante  progressão  dos  danos  neurológicos  clínicos,  com  ou  sem  recaídas  e  remissões menores sobrepostas;  

 Nesta  fase,  os  doentes  continuam  a  ter  surtos  mas  a  recuperação  torna‐se  incompleta, originando uma deterioração progressiva da condição física; isto é, há  um aumento gradual de sintomas e de incapacidades. 

iii. Primária progressiva (EMPP ou PPMS): 

 Aparece quando os doentes apresentam sintomas que se agravam gradualmente e  não  têm  surtos  distintos,  remissão  ou  recuperação,  sendo  que  a  incapacidade  agrava‐se  progressivamente  e  pode  estabilizar  em  determinada  altura  ou  continuar a piorar; 

 A EMPP é a forma mais incapacitante da doença e a mais problemática quanto ao  seu  tratamento,  afectando  normalmente  as  pessoas  que  sofrem  os  primeiros  sintomas com idade superior a 40 anos. Ao contrário dos outros tipos de EM, tem  a mesma probabilidade de ocorrência em homens e mulheres. 

iv. Progressiva recorrente (EMPR ou PRMS): 

 Caracteriza‐se por uma constante progressão dos danos neurológicos com surtos  sensitivos ligeiros, pouco frequentes e com recuperação total; 

 Depois  de  um  ou  dois  surtos  com  restabelecimento  completo  e  sem  qualquer  incapacidade, este tipo de EM não se agrava ao longo do tempo e não existe uma  incapacidade permanente ou progressão da doença;   A EMPR é uma das formas menos comuns da enfermidade, com apenas 10% dos  casos diagnosticados.  Na Figura 2.8, os gráficos mostram o nível de deficiência ao longo do tempo dos diferentes  tipos de EM. Nestes gráficos, quando aparece duas linhas, indica que existe duas possibilidades  para  essa  forma  de  esclerose  múltipla.  Nas  imagens  apresentadas,  os  picos  representam  os 

(37)

surto a esc sclero C histo 13  an idade córte A EMSP recor A os  20

3  Nesta cortica inflama os que podem olha do mod osis 2008).  Figura 2.8  Como  exemp lógicos de le nos  de  dura e  e  16  de  en ex, mas apen Figura 2.9 –  A desmieliniz P e EMPP, m rrente (Kutze Assim, pode‐ 0  e  os  40  an

a figura, a verde  l,  a  azul  as  lesõ atória no cérebro

m ser seguid delo de trata

– Evolução clínic

plo  das  pri esões no cére

ção  da  doen nfermidade.  as uma part Dados histológic zação no córt mas é rara ou elnigg, Lucch se concluir q nos  de  idad

estão represent ões  desmieliniza o.  os de uma r mento é efe     EMRR

 

    EMPR

 

ca esquemática d ncipais  vari ebro3. A RRM nça,  enquan A  PPMS  (o icipação men os das distintas f tex cerebral  u inexistente inetti et al. 2 que os prime e  e  podem 

adas as placas d ntes  na  substân

remissão tota ectuada med as distintas form edades  de  MS (ou EMRR to  a  SPMS  ( u  EMPP)  mo nor da enfer formas de EM (re é principalm e em doente 2005).   eiros sintoma manifestar‐ e desmielinizaçã ncia  cinzenta  pro

al ou parcial iante o tipo 

as de EM (retirad

EM,  a  Figu R) pertence a (ou  EMSP)  a ostra  uma  d rmidade na s etirado de (Kutzel mente uma c es que apres as da EM sur se  sob  difer

o focal na matér ofunda  e  os  po

. De salienta de evolução do de (mult‐sclero ura  2.9  apr a uma doent   um  doente desmielinizaç ubstância br nigg, Lucchinetti  característica entam uma  rgem em 70% rentes  molde ria branca, a verm ntos  azuis  escur

ar que geralm o da doença (     EMSP

 

    EMPP

 

osis 2008)).  resenta  os  te de 57 ano e  com  43  an ção  acentua ranca.   et al. 2005)).  a em doente doença agu % dos casos  es,  sendo  q melho a desmiel ro  indicam  a  in

mente  (mult‐ dados  s com  nos  de  da  no  s com  da ou  entre  ue  na  inização  filtração 

Imagem

Tabela 5.1 – Características das imagens usadas.
Tabela 5.2 – Classes do ITK para implementar transformações, métricas, interpolações e optimizadores. 
Tabela 5.3 – Características e técnicas genéricas dos exemplos disponíveis na versão analisada do ITK. 

Referências

Documentos relacionados

Local de realização da avaliação: Centro de Aperfeiçoamento dos Profissionais da Educação - EAPE , endereço : SGAS 907 - Brasília/DF. Estamos à disposição

Outro aspecto a ser observado é que, apesar da maioria das enfermeiras referirem ter aprendido e executado as fases do processo na graduação, as dificuldades na prática

Circuito secundário subterrâneo: parte da rede subterrânea, constituído de cabos isolados, que a partir dos transformadores de distribuição aéreo ou em pedestal conduz energia

Por último, temos o vídeo que está sendo exibido dentro do celular, que é segurado e comentado por alguém, e compartilhado e comentado no perfil de BolsoWoman no Twitter. No

O TBC surge como uma das muitas alternativas pensadas para as populações locais, se constituindo como uma atividade econômica solidária que concatena a comunidade com os

Este artigo está dividido em três partes: na primeira parte descrevo de forma sumária sobre a importância do museu como instrumento para construção do conhecimento, destaco

Os doentes paliativos idosos que permanecem nas instituições privadas são encaminhados pelos hospitais em que estavam ou internados pelos próprios familiares

A rede de teste 118 IEEE representada na figura 4.3 foi a rede que serviu de base para a aplicação da metodologia descrita e para os estudos de Data Mining apresentados nos