Os dados de sequenciamento, referentes aos cinco genes (GNPTAB, GNPTG, NAGPA, CNTNAP2 e FOXP2) sequenciados em 158 casos, não relacionados, com gagueira desenvolvimental persistente familial e 210 indivíduos controle estão apresentados nas tabelas 15, 16, 17, 18 e 19.
Para os genes GNPTAB, GNPTG e NAGPA descritos por Kang et al. (2010) nenhuma das mutações descritas foram encontradas na amostra brasileira. Diversas variações foram identificadas nestes três genes, assim como no gene CNTNAP2, porém sem consistência estatística significativa para atribuí-las como determinantes para o fenótipo na população estudada.
O gene FOXP2 apresentou cinco variações pontuais sendo quatro mutações silenciosas, entre os afetados, e apenas uma mutação missense, entre os controles, frente as 368 amostras analizadas o que demonstra o seu elevado grau de conservação e, portanto, de importância no papel de regulação (APÊNDICE H).
Éxon Posição Variação alélica SNP (1) Variação do aminoácido / posição Organismos conservados(2)
Previsão dos efeitos funcionais da proteína no organismo, programa
PolyPhen (Ramensky et al., 2002) Grupo amostral Casos controle 01 2/158 4/210
c.18 G>A/A rs4764655 Leu 6 Leu H, R, M,O, C, Z (Leu) -
34/158 55/210 G>G/A
24/158 5/210 c.27 G>G/A rs222504 Gln 9 Gln H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Gln) - 02 3/158 0/210 c.136 C>C/A rs desconhecido Arg 46 Arg H, R,M,D,E,O,C,Z, Xt (Arg) -
2/158 0/210 c.137 G>G/A rs117566084 Arg 46 Gln Provável dano
04 2/158 0/210 c.337 A>A/G rs desconhecido Lys 113 Gln H, R, M, D, E, O, C (Lys) Possível dano 05 0/158 1/210 c.500 T>T/A rs desconhecido Ile 167 Asn H, R, M, D, E (Ile) Sem dano 08 0/158 1/210 c.886 A>A/G rs desconhecido Thr 296 Ala H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Thr) Sem dano 09 4/158 1/210 c.1042 A>A/C rs7958709 Ile 348 Leu H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Ile) Provável dano 10 1/158 0/210 c.1253 A>A/C rs desconhecido Asp 418 Gly H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Asp) Possível dano
12
1/158 1/210 c.1482 G>G/A rs11111008 Gln 494 Gln H, R, M, D, E, C, Z, Xt (Gln) - 0/158 1/210 c.1429 T>T/G rs desconhecido Tyr 477 Asp H, R, D, E, O, C, Xt (Tyr) Sem dano 2/158 3/210 c.1500 C>C/T rs desconhecido Asn 500 Asn E, O, C, Xt (Asn) -
13
45/158 68/210
c.1932 A>G/G rs10778148 Thr 644 Thr H, R, M, D, E, O, C, Xt (Thr) -
73/158 76/210 A>A/G
11/158 5/210 c.1931 C>C/T rs76889468 Thr 643 Ile H, R, M, D, E, O, C, Xt (Thr) Sem dano
2/158 0/210 c.1943 G>G/A rs desconhecido Gly 648 Asp H, R (Gly) Sem dano
1/158 0/210 c.1986 G>G/A rs desconhecido Ala 662 Ala H, R, M, D, O, C, Xt (Ala) -
1/158 0/210 c.2341 G>G/A rs desconhecido Val 781 Met H (Va) Sem dano
4/158 1/210 c.2611 G>G/A rs desconhecido Gly 871 Ser H, R, E, O, (Gly) Sem dano 18 0/158 1/210 c.3384 C>C/A rs desconhecido Thr 1128 Thr H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Thr) - 19 0/158 1/210 c.3591 G>G/A rs desconhecido Glu 1197 Glu H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Glu) - 20 0/158 1/210 c.3655 T>T/C rs desconhecido Leu 1219 Leu H, R, M, D, E, O, C, Z, Xt (Leu) -
(1) Identificação do SNP de acordo com o banco de dados dbSNP Short Genetic Variation (disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/); (2)
Análise de conservação baseada no banco de dados Genome Browser Gateway (disponível em http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). A identificação dos organismos é apresentada pelas abreviações: H = Human; R = Rhesus; M = Mouse; D = Dog; E = Elephant; O = Opossum; C = Chicken; Xt = X_tropicalis; Z = Zebrafish.
Éxon Posição Variação alélica SNP (1) Variação do aminoácido / posição Organismos conservados(2)
Previsão dos efeitos funcionais da proteína no organismo, programa
PolyPhen (Ramensky et al., 2002) Grupo
amostral
Casos controle
04 0/158 1/210 c.183 C>C/T rs desconhecido Pro 6 Pro H, R, M, D, E, O, Xt (Pro) -
05
1/158 6/210 c.255 G>G/A rs76594024 Pro 85 Pro H, R, M, D, E, O, Xt (Pro) - 0/158 1/210 c.264 C>C/T rs desconhecido Asn 88 Asn H, R, M, D, E, O, Xt (Asn) - 0/158 1/210 c.316 G>G/A rs desconhecido Gly 106 Ser H, R, M, D, E, O, Xt (Gly) Provável dano 06 0/158 1/210 c.401 G>G/A rs desconhecido Arg 134 Gln H, R, M, D, E, O, Xt (Gly) Provável dano 07 1/158 0/210 c.422 C>C/T rs desconhecido Ala 141 Val H, R, M, D, O (Ala) Sem dano
09 0/158 1/210 c.684 C>C/G rs desconhecido Thr 228 Thr H (Thr) -
10 0/158 1/210 c.804 C>C/T rs desconhecido Ile 228 Ile H (Ile) -
1/158 0/210 c.814 A>A/G rs desconhecido Arg 272 Gly H (Arg) Sem dano
11
0/158 1/210 c.904 C>C/T rs desconhecido Arg 302 Cys H, M, D (Arg) Provável dano
4/158 0/210 c.910 A>A/G rs7187001 Ser 304 Gly H (Ser) Sem dano
1/158 0/210 c.852 C>C/T rs desconhecido His 284 His H (His) -
(1)
Identificação do SNP de acordo com o banco de dados dbSNP Short Genetic Variation (disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/);
(2)
Análise de conservação baseada no banco de dados Genome Browser Gateway (disponível em http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). A identificação dos organismos é apresentada pelas abreviações: H = Human; R = Rhesus; M = Mouse; D = Dog; E = Elephant; O = Opossum; C = Chicken; Xt = X_tropicalis; Z = Zebrafish.
Éxon Amostras Posição Variação alélica SNP (1) Variação do aminoácido / posição Organismos conservados(2)
Previsão dos efeitos funcionais da proteína no organismo, programa
PolyPhen (Ramensky et al., 2002) Grupo
amostral
Casos controle
01 1/158 1/210 c.83 C>C/T rs74952829 Ser 28 Leu H, R, D, E,(Ser) Sem dano
02
0158 1/210 c.220 G>G/C rs desconhecido Gly 74 Arg H, R, C (Gly) Sem dano
12/158 2/210 c.381 G>G/T rs desconhecido Ala 127 Ala H, R, M, D, E, O, C, Z (Ala) - 70/158 93/210
c.333 A>A/G rs2972272 Gly 111 Gly H, R, M, D, E, O, C, Z (Gly) -
75/158 80/210 A>G/G
1/158 0/210 c.135 G>G/T rs desconhecido Ala 45 Ala H, R, D, C (Ala) -
1/158 0/210 c.136 C>C/T rs desconhecido Arg 46 Cys H, R, M, D, E, O, C (Arg) Provável dano 1/158 0/210 c.147 G>G/C rs desconhecido Arg 49 Arg H, R, M,D, E, O, C, Z (Arg) - 03 1/158 1/210 c.641 A>A/G rs desconhecido Asn 214 Ser H, R, M, D, E,O, C, Xt, Z (Asn) -
1/158 0/210 c.562 G>G/A rs desconhecido Val 188 Met H, R, M, D, E, O, C, Xt (Val) Provável dano 04 0/158 1/210 c.785 A>A/G rs desconhecido Gln 262 Arg H, R, M, D, E, O (Gln) Sem dano
06
0/158 1/210 c.982 C>C/T rs desconhecido Arg 328 Cys H, R, M, D, E, O (Arg) Provável dano 0/158 2/210
c.1122 G>G/A rs116864149 Thr 374 Thr H, R, M, D, E, O, C, Xt, Z (Thr) -
1/158 1/210 G>A/A
08 0/158 1/210 c.1264 A>A/T rs desconhecido Ser 422 Cys H, R, M, D, E, O (Ser) Provável dano 09 1/158 1/210 c.1319 G>G/C rs desconhecido Gly 440 Ala H, R, M, D (Gly) Sem dano
10
0/158 82/210
c.1394 C>C/T rs7188856 Thr465 Ile H, M, D (Thr) Possível dano
0/158 24/210 C>T/T
0/158 1/210 c.1533 C>C/T rs desconhecido Asn 511 Asn H, R, M, D (Asn) - 0/158 78/210
c.1485 C>C/T rs887854 Asn 495 Asn H, R, M, D, E, O, C (Asn) - -
0/158 85/210 C>T/T
(1)
Identificação do SNP de acordo com o banco de dados dbSNP Short Genetic Variation (disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/);
(2)
Análise de conservação baseada no banco de dados Genome Browser Gateway (disponível em http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). A identificação dos organismos é apresentada pelas abreviações: H = Human; R = Rhesus; M = Mouse; D = Dog; E = Elephant; O = Opossum; C = Chicken; Xt = X_tropicalis; Z = Zebrafish.
Éxon Amostras Posição Variação alélica SNP (1) Variação do aminoácido / posição Organismos conservados(2)
Previsão dos efeitos funcionais da proteína no organismo, programa
PolyPhen (Ramensky et al., 2002) Grupo
amostral
Casos controle
01 1/158 0/210 c.1710 G>G/A rs2286128 Ser 570 Ser H, R, M, D, E, O, Z (Ser) -
03
6/158 2/210
c.318 C>C/T rs61732853 Ser 106 Ser H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Ser) -
1/158 0/210 C>T/T
1/158 0/210 c.282 G>G/T rs desconhecido Gln 94 His H, R, M, D, E, O, Z (Gln) Provável dano 0/158 1/210 c.342 G>G/T rs desconhecido Arg 144 Arg H, R, M, D, E, O, Z (Arg) - 06 3/158 1/210 c.834 T>T/C rs61732854 Ser 278 Ser H, R, M, D, E, O, Z (Ser) -
0/158 1/210 c.854 G>G/C rs desconhecido Gly 285 Ala H, R, M, D, E, O, Xt (Gly) Possível dano
08
2/158 0/210 c.1308 C>C/T rs79039458 Asn 436 Asn H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Asn) - 1/158 0/210 c.1119 G>G/A rs73471053 Thr 373 Thr H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Thr) - 2/158 0/210 c.1137 G>G/A rs desconhecido Ser 382 Asn H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Ser) Provável dano 3/158 1/210 c.1247 C>C/T rs34456867 Ala 416 Val H, R, M, D, O, Z (Ala) - 0/153 1/210 c.1135 A>A/G rs desconhecido Asn 379 Asp H, R, M, D, E, O, X, Z (Asn) - 1/158 1/210 c.1220 A>A/G rs desconhecido Asn 407 Ser H, R, D, E, O (Asn) - 1/158 0/210 c.1311 A>C/T rs desconhecido Ile 437 Ile H, R, D, O (Ile) - 10 105/158 82/210 c.1659 G>G/A rs34592169 Ala 553 Ala H, R, M, D, E, O, C, Xt, Z (Ala) -
3/158 6/210 G>A/A
12 4/158 0/210 c.1854 C>C/T rs61732849 Gly 618 Gly H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Gly) - 1/158 0/210 c.1879 G>G/A rs desconhecido Val 627 Ile H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Val) Provável dano 15 44/158 47/210 c.2280 A>A/G rs10240503 Ser 760 Ser H, R, M, D, O, Xt (Ser) -
4/158 2/210 A>G/G
18 1/158 0/210 c.2892 G>G/A rs desconhecido Ser 964 Ser H,R,M,D,E,O, Xt, Z (Ser) - 0/158 3/210 c.2895 C>C/A rs desconhecido Gly 965 Gly H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Gly) -
(1)
Identificação do SNP de acordo com o banco de dados dbSNP Short Genetic Variation (disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/);
(2)
Análise de conservação baseada no banco de dados Genome Browser Gateway (disponível em http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). A identificação dos organismos é apresentada pelas abreviações: H = Human; R = Rhesus; M = Mouse; D = Dog; E = Elephant; O = Opossum; C = Chicken; Xt = X_tropicalis; Z = Zebrafish.
Éxon Amostras Posição Variação alélica SNP (1) Variação do aminoácido / posição Organismos conservados(2)
Previsão dos efeitos funcionais da proteína no organismo, programa
PolyPhen (Ramensky et al., 2002) Grupo
amostral
Casos controle
19 1/158 0/210 c.3095 G>G/A rs desconhecido Arg 1032 Lys H, R, M, D, E, O (Arg) Sem dano 0/158 1/210 c.3174 C>C/G rs desconhecido Thr 1058 Thr H, R, M, D, O, Xt (Thr) - 22 0/158 2/210 c.3678 C>C/T rs desconhecido Ser 1226 Ser H, R, M, D, Xt (ser) - 2/158 2/210 c.3633 G>G/A rs desconhecido Glu 1211 Glu H, R, M, D, E, O, Xt, Z (Glu) - 23 32/158 110/210 c.3723 G>G/A rs9648691 Ala 1241 Ala H, R, M, D, E, O, Z (Ala) -
17/158 41/210 G>A/A
24 0/158 1/210 c.3919 G>G/A rs desconhecido Ala 1307 Ala H, R, M, D, E, O, Z, Xt (Ala) -
(1)
Identificação do SNP de acordo com o banco de dados dbSNP Short Genetic Variation (disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/);
(2)
Análise de conservação baseada no banco de dados Genome Browser Gateway (disponível em http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). A identificação dos organismos é apresentada pelas abreviações: H = Human; R = Rhesus; M = Mouse; D = Dog; E = Elephant; O = Opossum; C = Chicken; Xt = X_tropicalis; Z = Zebrafish.
Éxon Amostras Posição Variação alélica SNP (1) Variação do aminoácido / posição Organismos conservados(2)
Previsão dos efeitos funcionais da proteína no organismo, programa
PolyPhen (Ramensky et al., 2002) Grupo amostral Casos controle 06 14/158 6/210 c.645 A>A/G rs desconhecido Gln 190 Gln H, R, M, E, Xt (Gln) - 1/158 0/210 c.624 A>A/G rs desconhecido Gln 183 Gln H, R, M, E, D, Xt, O (Gln) - 7 1/158 0/210 c.816 C>C/T rs61732741 Gly 246 Gly H, R, M, D, C, E, O, Z (Gly) - 12 1/158 0/210 c.1506 G>G/A rs desconhecido Arg 476 Arg H, R, M, D, C, E, O, Z, Xt (Arg) - 17 0/158 1/210 c.2011 A>A/G rs desconhecido Asn 645 Asp H, R, M, D, C, E, O, Z, Xt (Asn) Provável dano
(1)
Identificação do SNP de acordo com o banco de dados dbSNP Short Genetic Variation (disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/);
(2)
Análise de conservação baseada no banco de dados Genome Browser Gateway (disponível em http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). A identificação dos organismos é apresentada pelas abreviações: H = Human; R = Rhesus; M = Mouse; D = Dog; E = Elephant; O = Opossum; C = Chicken; Xt = X_tropicalis; Z = Zebrafish.