Um outro aspeto a salientar na utilização do MS Tools está associado à interface com o utilizador. No
DBase esta caracteriza-se por ser pouco acessível e prática, sendo a sua apresentação gráfica muito
semelhante à da linha de comandos do Windows (Figura 3.1).
No novo programa, pretende-se que a sua utilização seja mais “amigável” e acessível mesmo a pessoas que não tenham grandes conhecimentos em áreas informáticas, tendo-se optado pela utilização de menus com opções, sempre que possível.
Todas as funções do programa estão incluídas num único módulo chamado ‘Modulo.R’, que evita assim a necessidade de executar todas as funções do código individualmente. Este procedimento não é apenas vantajoso ao nível da interação entre utilizador e o programa, mas também evita que o código base seja alterado acidentalmente.
Desta forma basta escrever os três primeiros comandos apresentados na Figura 4.2 para se dar início a uma sessão de trabalho.
Número do Ficheiro
Nome do
Ficheiro Descrição Tabela
5 EntradaRede Ficheiro com a data de entrada na rede de cada
um dos médicos sentinela. A.2
6 EventosNotif Ficheiro com a lista de eventos em análise em
cada um dos anos. A.3
7 MS.Ativos
Ficheiro com a informação relativa a quais os médicos sentinela que estão ativos em cada um
dos anos.
A.4
8 TAXA-
Natalidade
Ficheiro com as Taxa de natalidade em cada um
dos anos de análise, por distrito. A.5
9. GripeTaxas Ficheiro com as taxas (Provisórias e Definitivas)
da síndrome gripal. A.6
* ‘Número do Ficheiro’ indica o nome pelo qual o ficheiro será designado ao longo do texto.
Tabela – indica qual o Quadro nos anexos onde se pode encontrar uma parte desses ficheiros.
Quadro 4.1* – Ficheiros extra utilizados como input no MS Tools.
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A interface com o utilizador é maioritariamente feita através de pequenos menus que vão surgindo sendo apenas pedido ao utilizador que vá escolhendo – através dos números do teclado do computador – o que pretende fazer no programa. Um exemplo desse menu é o que é apresentado na Figura 4.2 em que aparece o primeiro menu do programa (Qual a localização da pasta?) que pretende saber em que localização se vai trabalhar.
4.3.1 Boas práticas na utilização do MS Tools
Apesar do programa ter sido concebido de forma a propor sugestões ou alertar para potenciais erros que possam surgir na execução do algoritmo, existem alguns pressupostos que o utilizador deve garantir para uma correta utilização do programa. Considere-se uma “execução do programa” desde o momento em que se executam as três linhas iniciais até que se fecha o programa, podendo este ser fechado através dos menus existentes ou de forma forçada fechando a janela do R.
Um desses pressupostos prende-se com a princípio de que o utilizador deve garantir que está a trabalhar no diretório que pretende e que todas as bases de dados necessárias estão nas pastas corretas e devidamente atualizadas. Por exemplo, no caso das tabelas dos médicos, espera-se que se algum médico enviou uma notificação de um evento, tem de existir a sua data de entrada na rede no ficheiro EntradaRede e, pelo menos, uma Tabela M na pasta respetiva.
4.3.2 Menus de utilização
Sempre que é executado o programa, três informações diferentes são solicitadas ao utilizador (Figura 4.3): ‘Qual a localização da pasta?’ em que se irá trabalhar, o ‘nome do ficheiro a ser utilizado?‘ e qual a ‘Definição grupo etário:’, podendo estas três variáveis ser alteradas durante a execução. > setwd('D:\\DS\\DEP\\') > source('Modulo.R') > Funcoes$MS.Tools() Bom Dia :) Dia 1 de março de 2017 às 09h27m. Dados:
Qual a Localização da pasta?
[1] - D:\DS\DEP1\
[2] - D:\DS\DEP2\
[3] - Outra Localização -
Figura 4.2 – Início de uma sessão de trabalho no MS Tools. A vermelho– comandos dados pelo utilizador; A azul – Output
gerado pelo MS Tools.
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Surge então o primeiro menu (Figura 4.4) que dá ao utilizador a possibilidade de indicar o que pretende fazer através da escolha de uma das opções indicadas.
Para as duas primeiras opções ([1] e [2]) existem menus mais específicos, descritos no Quadro 4.2, consoante o que se pretende analisar a cada momento.
Tópico ‘Atualizar’
Este tópico destina-se a fazer a atualização de alguns dos ficheiros existentes (Quadro 3.1 – (1), (2), (3)).
Menu Opções de Escolha
Atualizar
- Listas de utentes dos médicos sentinela (Tabelas M); - Listas de utentes Categorizadas dos médicos sentinela (Tabelas D);
- Ficheiro de Notação;
- Dados inseridos inicialmente (Diretório / Ano / Categorias da idade).
Visualizar
- Listas de utentes dos médicos sentinela (Tabelas M); - Listas de utentes Categorizadas dos médicos sentinela (Tabelas D);
- Ficheiro de Notação;
- População num dado momento (PSOE ou PMSO); - Taxas de incidências para um evento de saúde;
- Análise da Época Gripal.
O Que quer pretende fazer? [1] - Atualizar -
[2] - Visualizar -
[3] - Dados iniciais (Diretorio+CatIdade+Ano) - [9] - Sair -
Opção: 1
Qual a Localização da pasta?
[1] - D:\DS\ana.paula\
[2] - D:\DS\ines.batista\ [3] - Outra Localização.
Opção: 1
nome do ficheiro a ser utilizado? MSNOT16
Definição grupo etário:
[1] - [0:4[;[5:9[;[10:14[;[15:24[;[25:34[;[35:44[;[45:54[;[55:64[;[65:74[;[75:+[ [2] - [0:14[;[15:24[;[25:34[;[35:44[;[45:54[;[55:64[;[65:74[;[75:+[
[3] - Outros grupos etários.
Opção: 1
Figura 4.3 – Informações iniciais a serem introduzidas pelo utilizador.
Figura 4.4 – Primeiro menu, onde foi escolhida a opção ‘Atualizar’ (1).
Quadro 4.2 – Opções de escolha do menu inicial.
O que pretende Atualizar?
[1] - Pasta com listas de utentes dos médicos (Tabelas M) - [2] - Listas de utentes por médico categorizadas (Tabela D) - [3] - Ficheiro de Notação (MSNOT) -
[4] - Alterar dados iniciais (Diretorio+CatIdade+Ano) - [9] - Retroceder -
Opção:
Figura 4.5 – Menu do tópico ‘Atualizar’.
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Opções do tópico
A primeira opção deste tópico ‘Pasta com listas de utentes dos médicos (Tabelas M)’ tem como objetivo colocar todas as Tabelas M (de todos os médicos e todos os anos) no mesmo diretório. Ao selecionar esta opção, surge um novo menu apresentado na Figura 4.6, que dá a possibilidade ao utilizador de escolher o processo de envelhecimento pretendido, que neste momento se restringe a duas opções (estes dois processos são abordados detalhadamente na parte final deste capítulo). Este processo de envelhecimento só é aplicado às listas dos médicos que estiveram ativos durante o ano em causa e não enviaram pelo menos uma das duas listas necessárias à análise (lista do início do ano e do fim do ano).
A segunda opção ‘Listas de utentes por médico categorizadas (Tabela D)’ consiste em criar as Tabelas D, tendo em consideração o ano do ficheiro de notação e as categorias escolhidas inicialmente. São então criadas e guardadas, na pasta alusiva às Tabelas D, duas Tabelas D por cada médico ativo, uma relativa ao início do ano e outra ao final. Sendo que são estas as tabelas utilizadas pelo MS Tools para produzir os resultados e não as Tabelas M.
A terceira opção ‘Ficheiro de Notação (MSNOT)’ consiste na atualização do ficheiro de notação (MSNOT), que deve ser feito diariamente após a extração dos ficheiros relativos aos eventos da plataforma RIOS. Neste ponto é possível pedir ao MS Tools que faça uma validação dos dados extraídos do RIOS. Essa validação consiste num processo de simplificação da tarefa de validar as bases de dados por parte dos responsáveis da rede, em que, estes verificam eventuais notificações repetidas. O MS Tools não exclui nenhum elemento que ache que eventualmente é um caso repetido, limitando-se a notificar o utilizador, deixando para este a decisão de excluir ou não esses casos.
Na quarta opção ‘Alterar dados iniciais (Diretorio+CatIdade+Ano)’ o utilizador pode alterar os dados que colocou inicialmente, para que possa assim proceder a análises de outros anos ou com outras categorias de idade. Se alterar os dados iniciais, deve voltar a atualizar as Tabelas M e Tabelas D.
As duas primeiras opções não precisam de ser executadas diariamente, apenas quando existem alterações que o justifiquem. As Tabelas M só necessitam de ser atualizadas quando entra algum médico sentinela na rede ou quando um médico que já pertence à rede envia a sua lista de utentes atualizada e as Tabelas D, devem ser atualizadas não só quando entra algum médico na rede, mas também quando se altera o ano de análise ou as categorias da idade.
Tópico ‘Visualizar’
É através deste tópico que se obtêm aos resultados e outputs que o MS Tools produz: taxas de incidência de síndrome gripal semanal e anual, assim como taxas de incidência para os demais eventos em estudo. Nesta opção é ainda possível obter as figuras com os gráficos para a época de gripe, utilizando tanto o
Threshold da linha de base que tem sido utilizado pela rede nos últimos anos assim como o que é obtido
através do package do R Moving Epidemic Method.
Qual o processo de envelhecimento a considerar? [1] - DBase (Manter a última lista conhecida) - [2] - Translação no tempo -
Opção:
Figura 4.6 – Escolha do processo de envelhecimento a considerar por parte do MS Tools.
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Opções do tópico
Todas as opções dentro deste tópico produzem resultados que, para estarem corretos, dependem do facto dos dados estarem atualizados e nos diretórios adequados (Figura 4.7). Em alguns casos o próprio programa MS Tools avisa o utilizador de forma a prevenir alguns erros, no entanto podem existir erros que não estão contemplados no algoritmo do programa e assim provocar uma das seguintes situações: (i) o programa bloqueia e dá erro, (ii) o programa produz resultados que não correspondem aquilo que o utilizador pretende.
Nas duas primeiras opções, o programa apresenta no ecrã as tabelas (Tabela M ou Tabela D) de um dado médico. No caso da segunda opção, ‘Lista de utentes categorizada de um Médico (Tabela D)’, são apresentadas duas Tabelas D, a tabela do inicio do ano e a do fim.
A terceira opção apresenta, no ecrã, a tabela com o registo de notificações feitas pelos médicos sentinela, tabela que é semelhante ao Quadro 3.4.
A quarta opção, ’População (PMSO ou PSOE)’, permite estimar as populações com que a Rede MS trabalha, a População Máxima Sob Observação e a População Sob Observação Efetiva (ver Secção 4.4). O utilizador pode escolher qual das populações pretende visualizar, e pode introduzir quais as condições que devem ser tidas em conta (período de tempo, região do país e médico). Este output é apresentado no ecrã e guardado numa pasta no computador.
Na quinta opção, ‘Taxas de incidência de um evento’, são obtidas as estimativas das taxas de incidência para cada um dos eventos em estudo (ver Secção 4.6). Em cada ano, os eventos podem não ser os mesmos no entanto, o novo programa tem capacidade para produzir resultados independentemente se o evento já foi alvo de notificação ou não, estando apenas dependente de que o ficheiro (6) (ver Quadro 4.1) esteja atualizado. No caso da síndrome gripal, este evento é tratado de forma diferente dos restantes, uma vez que neste evento é feito um acompanhamento de forma semanal, enquanto nos restantes os resultados são anuais. Para a síndrome gripal, o utilizador deve escolher qual o intervalo de tempo que deve ser considerado na análise. Esta possibilidade representa uma das inovações face ao
DBase, uma vez que no MS Tools o utilizador pode escolher uma semana especifica, um grupo de
semanas ou até mesmo todo o ano. O ficheiro com o output para qualquer um dos eventos é guardado numa pasta, e apresentado no ecrã.
A sexta opção, ‘Análise Época Gripal’, consiste numa forma de analisar a época da gripe (ver Secção 4.7), uma vez que a notificação dos casos de síndrome gripal na Rede MS corresponde a uma das componentes do sistema de vigilância da gripe, estando esta integrada no Programa Nacional de Vigilância da Gripe (PNVG). Desta forma, para além do acompanhamento semanal, é feita uma monitorização da época de gripe (período compreendido entre a semana 40 de um ano e a semana 20 do ano seguinte). Assim sendo, de forma a facilitar esse acompanhamento, o MS Tools está capacitado a analisar essas épocas de gripe.
O que pretende Visualizar?
[1] - Lista de utentes de um Médico (Tabela M) -
[2] - Lista de utentes categorizada de um Médico (Tabela D) - [3] - Ficheiro de registo de notificações (MSNOT) -
[4] - População (PMSO ou PSOE) -
[5] - Taxas de incidência de um evento - [6] - Análise Época Gripal -
[9] - Retroceder -
Opção:
Figura 4.7 – Menu do tópico ‘Visualizar’.
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Nas três primeiras opções são apresentadas tabelas que servem de input à obtenção de resultados, estando essas guardadas no computador onde é executado o programa MS Tools. Por sua vez, as opções quatro, cinco e seis, onde são obtidos os resultados, serão analisadas de forma mais detalhada nas secções que se seguem.