Afin d’exploiter au maximum les données de cette thèse, nous avons choisi 4 approches complémentaires pour analyser les relations entre les 24 protéines analysées et la tendreté de la viande.
La première approche a consisté à analyser les cœfficients de corrélation de chacune des 24 protéines avec soit la note de tendreté sensorielle (TG), soit la mesure mécanique Warner- Bratzler (WB). Ces analyses ont porté sur l’ensemble des différents contextes définis précédemment.
La deuxième approche dite « descriptive » a consisté à classer les échantillons en 3 classes, selon leur note TG d’une part, et mesure WB d’autre part, et à mettre en évidence les protéines permettant une discrimination entre des classes extrêmes de tendreté.
Les deux autres approches dites « prédictives » ont consisté à établir des équations de prédiction de la tendreté. Deux méthodes ont été employées :
x En considérant l’ensemble des 24 protéines analysés : c’est « l’approche prédictive globale ».
x En sélectionnant les protéines les plus explicatives : c’est « l’approche prédictive ciblée ».
IV.1 Analyse par corrélations
Cette approche a étudié les coefficients de corrélation de chaque protéine avec la tendreté estimée par la mesure de Warner-Bratzler (WB) ou la note de Tendreté sensorielle (TG) dans les différents contextes suivants (Tableau 17) : le LT de bœufs (note TG et mesure WB), le LT de taurillons (note TG et mesure WB), le LT des bœufs et taurillons groupés (note TG et
ProtéineST Bœufs (N = 44)ST Taurillons (N = 67)ST (N = 111)LT + ST (N = 222)Protéine WBTGWBTGWBTGWBWBWBWB Heat Shock ProteinsHeat Shock Proteins B-crystalline-0,21 (t)-0,24 (*)-0,13 (t)B-crystalline Hsp20+0,19 (*)-0,28 (***)Hsp20 Hsp27-0,19 (*)-0,36 (***)-0,2 (***)Hsp27 Hsp40Hsp40 Hsp70-1AHsp70-1A Hsp70-8+0,27 (***)+0,15 (*)Hsp70-8 Hsp70-GRP75+0,33 (***)+0,17 (*)Hsp70-GRP75 MétabolismeMétabolisme Eno1-0,21 (t)-0,2 (*)+0,27 (t)+0,17 (t)Eno1 Eno3+0,34 (***)+0,19 (***)Eno3 LDHB-0,26 (t)0,33 (*)LDHB MDH1-0,24 (t)-0,16 (t)MDH1 PGM1-0,28 (t)PGM1 StructureStructure CapZ--0,16 (t)+0,36 (***)-0,15 (t)+0,18 (t)+0,19 (*)CapZ- DesmineDesmine MLC-1F+0,21 (t)+0,23 (*)+0,13 (*)MLC-1F MyBP-H-0,28 (t)+0,25 (t)+0,32 (**)-0,26 (t)+0,28 (*)MyBP-H MyHC-IMyHC-I MyHC-II-0,28 (t)MyHC-II MyHC-IIx+0,27 (t)MyHC-IIx Stress oxydantStress oxydant DJ-1+0,16 (t)DJ-1 PRDX6-0,15 (t)+0,33 (*)+0,36 (***)+0,26 (***)PRDX6 SOD1+0,43 (***)SOD1 ProtéolyseProtéolyse M-calpaïne+0,28 (***)+0,15 (*)M-calpaïne -calpaïne+0,32 (*)-0,3 (*)+0,23 (*)+0,13 (t)-calpaïne Tableau 17. Corrélations entre chacune des 24 protéines étudiées et la mesure Warner-Bratzler et / ou note de Tendreté sensorielle dans différents contextes (t) : 0,1 < P 0,05 ; (*) 0,05 < P 0,01 ; (**) 0,01 < P 0,001 ; (***) P < 0,001
LT Bœufs (N = 44)LT Taurillons (N = 67)LT (N = 111)
Résultats et Discussion
109 mesure WB), le ST de bœufs (mesure WB), le ST de taurillons (mesure WB), le ST des bœufs et taurillons groupés (mesure WB), et enfin sur toutes les données des muscles LT et ST groupées (mesure WB).
IV.1.1 Muscle LT
Dans le LT de bœufs, la -calpaïne est corrélée significativement à la mesure WB (positive) et à la note TG en sens inverse (négative). C’est également le cas pour LDHB et MyBP-H, avec seulement une tendance.
Dans le LT de taurillons, seule CapZ- et MyBP-H sont corrélées significativement à la note TG pour la première (positive pour CapZ-), et à la mesure WB pour la seconde (positive pour MyBP-H). Cependant, il existe une tendance négative entre l’abondance de CapZ- et la mesure WB, opposée à la corrélation avec la note TG.
En cumulant les deux types d’animaux, ces 4 protéines ne sont plus corrélées significativement, CapZ- ne présente plus qu’une tendance avec la note TG et la mesure WB en sens inverse. En revanche le regroupement des bœufs et taurillons fait apparaître des corrélations significatives entre l’abondance de Hsp20 et de Eno1 avec la mesure WB, négative pour Hsp20 et positive pour Enolase1. De même, l’abondance de Hsp27 est corrélée négativement à la note TG. Une tendance négative entre l’abondance de PRDX6 et la note TG apparaît également.
De manière plus générale, très peu de protéines sont liées significativement à la tendreté dans le muscle LT, que ce soit avec la mesure WB ou la note TG. Aucune corrélation entre protéine et tendreté n’est commune aux bœufs et taurillons, à l’exception de MyBP-H. Mais l’abondance de cette protéine est négativement liée à la mesure WB chez les bœufs et positivement chez les taurillons, ce qui explique sa disparition lorsque les bœufs et taurillons sont groupés. Il existe donc un fort effet animal sur le rôle de cette protéine sur la tendreté.
IV.1.2 Muscle ST
Dans le ST de bœufs, PRDX6 et SOD1, enzymes anti-oxydantes, sont significativement corrélées à la mesure WB (négative). Dans le ST de taurillons, seule MyBP-H est corrélée avec la mesure WB (positive). Cette dernière présente une tendance en sens inverse chez les bœufs. Lorsque les deux types d’animaux sont cumulés, beaucoup de protéines sont significativement corrlées à la mesure WB. Ainsi, les HSP20s (Hsp27, Hsp20 et B- crystalline) sont liées négativement à la mesure WB. Deux protéines de la famille HSP70
Résultats et Discussion
110 (Hsp70-8 et Hsp70-GRP75) sont corrélées positivement à la mesure WB, donc inversement aux HSP20s. C’est également le cas pour les deux énolases (Eno1, avec une tendance, et Eno3), CapZ- et MLC-1F, DJ-1 (avec une tendance) et PRDX6, et les calpaïnes (M- et - calpaïnes). Un résultat surprenant est le fait que SOD1, très significativement corrélée à la mesure WB dans le ST de bœufs (P < 0,001), ne l’est plus du tout en cumulant les deux types d’animaux. Cette protéine est très impliquée dans la tendreté du ST de bœufs, mais ne l’est plus du tout dans le ST de taurillons. L’analyse conjointe des deux types d’animaux empêche la détection de cette protéine comme marqueur, trop spécifique des bœufs.
Le regroupement des bœufs et taurillons a permis de mettre en évidence un nombre plus élevé de corrélations significatives entre mesure WB et abondance de protéines.
IV.1.3 Muscles LT et ST cumulés
Lorsque les deux muscles sont considérés ensembles, les corrélations significatives établies précédemment dans le muscle ST seul sont retrouvées. Cependant, les valeurs des corrélations dans le contexte LT et ST cumulés sont systématiquement inférieures aux valeurs trouvées dans le contexte ST pris seul. Ainsi, le coefficient de corrélation de Hsp27 passe de -0,36 dans le ST pris seul, à -0,2 lorsque les muscles LT et ST sont cumulés. De plus, des protéines présentant un coefficient de corrélation significatif avec la mesure WB dans le muscle ST pris seul, ne sont plus retrouvées dans cette analyse. C’est par exemple le cas pour Hsp20 malgré le coefficient de corrélation de -0,28 (P <0,001) avec la mesure WB dans le ST, qui n’est pas ressortie dans l’analyse muscles cumulés. A fortiori, les protéines Enolase1 et DJ-1, qui ne présentaient qu’une tendance avec la mesure WB du ST pris seul, ne sont pas ressorties par cette analyse muscle cumulée. Aucun des deux marqueurs du muscle LT pris seul, Hsp20 et Enolase1, n’est ressorti dans l’analyse muscle cumulé. Leurs coefficients de corrélation avec la mesure WB du LT pris seul étant opposés aux coefficients de corrélation avec la mesure WB du ST pris seul, il est tout à fait logique que l’analyse muscles cumulés trouve des coefficients nuls entre ces deux protéines et la mesure WB.
Ces résultats concernent surtout le muscle ST. En effet, très peu de protéines sont significativement liées à la tendreté dans le muscle LT. En terme de marqueurs, cette analyse a montré que l’abondance des HSPs est corrélée à la mesure WB du muscle ST.
Le groupe des HSPS20s présente ainsi une corrélation négative avec la mesure WB, au contraire des HSP70s, présentant une corrélation positive. Cette inversion entre HSP20s