Caracterização do porco malhado de Alcobaça

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(1)UNIVERSIDADE TÉCNICA DE LISBOA FACULDADE DE. INSTITUTO SUPERIOR DE. MEDICINA VETERINÁRIA. AGRONOMIA. “CARACTERIZAÇÃO DO PORCO MALHADO DE ALCOBAÇA”. António Pedro Andrade Vicente. JÚRI:. ORIENTADOR:. Doutor João Pedro Bengala Freire (Professor Catedrático do Instituto Superior de Agronomia) (Presidente) Doutor Luís Lavadinho Telo da Gama (Investigador Principal da Estação Zootécnica Nacional e Professor Associado Convidado do Instituto Superior de Agronomia) Doutor Rui Manuel Vasconcelos Horta Caldeira (Professor Associado da Faculdade de Medicina Veterinária) Doutora Maria do Mar Jácome Félix Oom (Professora Auxiliar da Faculdade de Ciências de Lisboa) Doutor Vítor Manuel Diogo de Oliveira Alves (Professor Auxiliar da Faculdade de Medicina Veterinária). LISBOA 2006. Doutor Luís Lavadinho Telo da Gama.

(2) UNIVERSIDADE TÉCNICA DE LISBOA FACULDADE DE. INSTITUTO SUPERIOR DE. MEDICINA VETERINÁRIA. AGRONOMIA. “CARACTERIZAÇÃO DO PORCO MALHADO DE ALCOBAÇA” Dissertação de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente. JÚRI:. ORIENTADOR:. Doutor João Pedro Bengala Freire (Professor Catedrático do Instituto Superior de Agronomia) (Presidente) Doutor Luís Lavadinho Telo da Gama (Investigador Principal da Estação Zootécnica Nacional e Professor Associado Convidado do Instituto Superior de Agronomia) Doutor Rui Manuel Vasconcelos Horta Caldeira (Professor Associado da Faculdade de Medicina Veterinária) Doutora Maria do Mar Jácome Félix Oom (Professora Auxiliar da Faculdade de Ciências de Lisboa) Doutor Vítor Manuel Diogo de Oliveira Alves (Professor Auxiliar da Faculdade de Medicina Veterinária). LISBOA 2006. Doutor Luís Lavadinho Telo da Gama.

(3) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Agradecimentos. AGRADECIMENTOS. Antes de mais gostaria de deixar bem expressos os meus sinceros agradecimentos a todas as pessoas que directa ou indirectamente colaboraram na realização deste trabalho e sem as quais o qual jamais teria sido possível concluir: Ao meu orientador, Professor Doutor Luís Telo da Gama, pelo seu apoio, sugestões constantes, revisão crítica deste manuscrito e pela abertura de imensas portas do conhecimento científico, profundo e rigoroso, e pela capacidade didáctica excepcional que me tem transmitido ao longo destes anos que me tem aturado; Ao Professor Doutor Ramalho Ribeiro, director da Estação Zootécnica Nacional, pelo apoio e permissão da realização deste trabalho no laboratório de Genética Molecular da Instituição que Mui Ilustremente dirige; Ao Dr. Mário Costa, Director de Serviços de Produção e Melhoramento Animal da Direcção Geral da Veterinária, pelo apoio e suporte financeiro para a realização deste trabalho, bem como pela sua luta incessante para a caracterização, incentivo e reconhecimento das raças autóctones; Ao Sr. Manuel Leal, proprietário da exploração do Outeiro da Cabeça detentora dos únicos exemplares Malhados de Alcobaça, pelas facilidades concedidas e disponibilização do apoio essencial do seu pessoal técnico para a realização deste estudo; Ao Dr. José Reis, secretário técnico da APCRPS, que me colocou em contacto com os produtores suínos e por todo o auxílio na amostragem das várias populações porcinas, colaboração no preenchimento dos dados genealógicos e produtivos do Malhado de Alcobaça e pelos aconselhamentos para o estudo biométrico dos animais; À Eng. Inês Carolino, pois sem ela, todo o trabalho prático de laboratório teria sido impossível realizar em tempo útil, pelos incentivos constantes, boa disposição, desembaraço e por todos os fins de tardes e fins-de-semana que lhe privei da família; Ao Eng. Nuno Carolino, “meu padrinho”, pelo homem de grande carácter que é e por todo o apoio na estruturação do trabalho em relação aos parâmetros morfológicos, produtivos e demográficos, bem como pela preciosa ajuda nas análises estatísticas dos dados e elaboração dos gráficos;. Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(4) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Agradecimentos. À Eng. Catarina Ginja, pelo grande dinamismo e indispensável suporte nas análises referentes à caracterização genética, por toda a amizade e aconselhamentos experientes nas análises laboratoriais e de dados; Ao Doutor José Luís Vega-Pla, pela disponibilidade, revisão crítica e sábia da caracterização genética do trabalho para além dos muitos aconselhamentos úteis sobre dados de microssatélites; À Doutora Amparo Martinez, pelos conselhos referentes à análise e discussão dos dados de caracterização genética; Ao Professor Doutor Rui Caldeira, pelo seu apoio constante durante toda a realização do curso de mestrado em Produção Animal e pela sua enorme capacidade organizativa, dinamismo e empenho que coloca em tudo o que faz; À Dra. Conceição Oliveira e Sousa, por toda a sua boa disposição, ânimo e colaboração nas diferentes tarefas laboratoriais, bem como na pesquisa de bibliografia de apoio; À minha aluna, Engª Lisbete Pereira, por toda a colaboração na recolha dos dados referentes à morfologia, demografia e produtividade e pela companhia em todas as viagens e idas à exploração naqueles dias frios de Inverno. Ao Dr. Alfaro Cardoso, pela colaboração na amostragem dos sangues das raças Large White e Duroc; À D. Teresa, secretária da APCRPS, pelo auxílio no preenchimento dos registos genealógicos da população Malhado de Alcobaça que em muito contribuiu para um trabalho mais rigoroso na caracterização desta população; À Eng. Carla Alves, secretária técnica da ANCSUB, pela preciosa colaboração e toda a disponibilidade, eficiência e auxílio na amostragem da raça Bísara e tudo a ela ligado; Aos Srs. José Manuel e D. Guilhermina pela inexcedível e preciosa colaboração e apoio nas medições dos animais, recolha de sangues e informatização dos registos da exploração, para além do aquecedor naqueles dias frios de Inverno; Ao técnico da exploração do Outeiro da Cabeça, Sr. Palma, pela disponibilidade e toda a boa vontade na recolha dos sangues da população Malhado de Alcobaça; Ao Sr. Armando, técnico administrativo da Selecpor S.A. por toda a colaboração e coordenação das actividades desenvolvidas na exploração do Outeiro da Cabeça, bem como pela disponibilização dos registos genealógicos e produtivos da exploração em estudo; Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(5) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Agradecimentos. Às D. Esperança Maurício, D. Elisa Morais e D. Isabelina, por toda a colaboração e apoio logístico no laboratório e no departamento de Genética e Melhoramento Animal da EZN; Às colegas de mestrado, Carolina e Carina, pelo companheirismo, amizade e apoio constante nas diferentes etapas deste trabalho; Ao Sr. Luís Fonseca, da empresa Sapeal, pela colaboração na amostragem das raças Pietrain e Landrace; À ANCPA, na pessoa do Eng. Pedro Bento, por toda a disponibilidade e cooperação em relação às recolhas de sangue da raça Alentejana e tudo com ela relacionado; À Eng. Fátima Santos-Silva pela ajuda na análise discriminante e de componentes principais e por todos os aconselhamentos durante a realização deste trabalho; Aos meus colegas da ESAS, em particular à minha “chefe”, Dra. Paula Azevedo, pelo companheirismo, amizade e suporte e por tudo o que fez a mais na escola para que eu pudesse concluir este trabalho em tempo útil. Um reconhecimento especial ao Doutor Paulo Pardal e ao Dr. Luís Carvalho de Almeida pelos aconselhamentos e auxílio; “The last but not the least”, à minha família, em particular aos meus pais por todas as magníficas oportunidades que me concederam e o apoio constante ao longo da vida e à minha cara-metade Maria, pelo incondicional suporte em todos os momentos da minha vida e a toda a hora, no passado, presente e para o resto dos nossos dias.. Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(6) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Resumo. RESUMO Realizou-se um estudo da população suína Malhado de Alcobaça (MA), com vista à sua caracterização morfológica, demográfica, produtiva e genética, como base para o seu eventual reconhecimento (ou não) como raça distinta. A população MA, conhecida historicamente como Porco Sintrão, Torrejano, da Granja, da terra, etc., está actualmente reduzida a uma única exploração (Selecpor, SA.), com um efectivo reprodutor adulto que ronda as 170 ♀ e 11 ♂. Os animais MA apresentam uma coloração malhada, cabeça de perfil côncavo, orelhas compridas, corpo a tender para o longilíneo e membros altos. Para a caracterização morfológica, seleccionaram-se 50 marrãs em gestação e 10 varrascos, procedendo-se à recolha de informação sobre 14 medidas referentes a alturas, larguras e perímetros, baseadas em grelhas de medição standard, e calcularam-se os respectivos índices zoométricos. O peso médio obtido para os animais adultos estudados foi de 212±24 kg para as fêmeas e 248±25 kg para os machos. Estimaram-se as correlações entre as diferentes medidas e a equação para predição do peso adulto dos suínos MA a partir das 7 medidas zoométricas mais significativas (r2=0,90). Quando comparadas com as recolhidas em porcas da raça Bísara, diversas medidas zoométricas obtidas no MA foram significativamente diferentes. Para a caracterização produtiva, utilizaram-se os registos individuais e respectivas genealogias, respeitantes aos últimos 16 anos de exploração. Obtiveram-se assim dados referentes a 70 varrascos e 1100 porcas, com aproximadamente 3000 registos de partos. Os valores médios globais para o número de leitões nascidos vivos e desmamados/parto foram de 9,1±2,6 e 8,3±2,2, respectivamente, sendo a duração média da gestação de 116±1,4 dias, a idade média ao primeiro parto de 15,0±2,5 meses e a vida útil média das reprodutoras de 2,0±1,5 anos. A heritabilidade estimada para a prolificidade foi de 0,05 e para o número de leitões desmamados de 0,10. O número de gerações conhecidas para esta população é de aproximadamente 4, e o coeficiente de consanguinidade médio é de 8,8% para os animais nascidos em 20032004, sendo a taxa de consanguinidade anual de 0,76%. Cerca de 50 % do património genético do efectivo actual é justificado pelas contribuições genéticas de apenas 5 animais fundadores. Para a caracterização genética utilizaram-se 27 marcadores polimórficos (microssatélites), recomendados pela FAO/ISAG para estudos de diversidade genética. Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(7) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Resumo. porcina. Foram amostrados 249 indivíduos de 7 populações distintas (MA, Bísara, Alentejana, Duroc, Landrace, Pietrain e Large White), com uma representação de 2350 animais/raça. A extracção do DNA foi realizada com Chelex® e Proteinase-K, realizando-se em seguida 3 reacções PCR multiplex, com lotes de 9 marcadores cada, usando primers marcados com rótulos fluorescentes. Os produtos de PCR foram analisados por electroforese em capilar (sequenciador ABI 310) com subsequente interpretação no Genescan e Genotyper. A análise estatística utilizou programas de rotina para estudos populacionais, nomeadamente Genetix, Cervus, Genepop e Populations. Nestas análises foram utilizados 25 dos 27 loci, rejeitando-se dois por deficiente amplificação e leitura. O número total de alelos detectados para os 25 loci nas sete populações suínas foi de 261, variando por locus entre 6 (S0090) e 20 (S0005), enquanto que o número médio de alelos (NMA) por marcador oscilou entre 3,17 (S0227) e 8,33 (S0068). O locus S0101 revelou-se monomórfico para a raça Duroc. Os valores médios de heterozigotia observada e esperada para o conjunto dos marcadores foram de 0,621 e 0,667, respectivamente. Entre populações, o NMA variou entre 3,77 (Duroc) e 7,18 (Landrace), e a heterozigotia observada apresentou um intervalo de valores entre 0,468 (Duroc) e 0,645 (Landrace). Todas as populações exibiram diversos loci que não estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. O grau de diferenciação genética entre populações (GST) foi de 0,1844, sendo o PIC médio dos microssatélites de 0,685. Em relação aos índices de fixação, para um conjunto de 22 microssatélites, o FIS foi de 0,0673, o FIT 0,2393 e o FST 0,1844, com os valores mais altos de FIS observados nas raças Alentejana e Bísara. Estimaram-se ainda distâncias genéticas entre populações (DS, DRey e DA) e indivíduos (DAS) para a elaboração das respectivas árvores filogenéticas, pela metodologia de NeighbourJoining. A maior DS ocorre entre o MA e o Duroc (0,7616) e a menor entre o MA e o Landrace (0,2313). Para diferentes distâncias calculadas, as raças Duroc e Alentejana apresentaram-se separadas das restantes, estando o MA e o LR sempre bastante próximos. No estudo de alocação dos indivíduos por métodos Bayesianos foram classificados correctamente, nas suas populações de origem, entre 61% (Alentejano) e 88% (MA) dos animais. Para o estudo da mutação de sensibilidade ao stress no locus RYR1, foi implementada uma técnica de detecção e identificação de SNPs pelo Laboratório de Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(8) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Resumo. Genética Molecular da Estação Zootécnica Nacional. A identificação da mutação pontual foi realizada por SNaPshot e posterior análise em sequenciador automático por electroforese em capilar. A incidência do alelo recessivo (n) foi de 0 no Duroc, 0,275 no Landrace, 0,34 no MA, 0,75 no Pietrain, e inferior a 0,10 nas restantes raças. A proporção de indivíduos portadores heterozigóticos foi de 0,15 no Landrace, 0,40 no Pietrain e 0,60 no MA. Nas populações onde o alelo n apresentou frequências inferiores a 0,10 não se detectaram indivíduos homozigóticos recessivos (nn), ocorrendo estes, no entanto, em frequências de 0,55 no Pietrain, 0,20 no Landrace e 0,04 no MA.. Palavras Chave: Suínos; Raças; Genética; Microssatélites; Diversidade; Morfologia; Demografia.. Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(9) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Abstract. ABSTRACT A study was conducted with the Malhado de Alcobaça (MA) swine population, aiming at its morphologic, demographic, productive and genetic characterization, as a basis for the possible recognition (or not) of this population as a distinct breed. The MA population, historically known as Porco Sintrão, Torrejano, da Granja, da terra, etc., is currently reduced to a single herd (Selecpor, SA.), with 170 sows and 11 boars. The MA animals have a spotted colour, concave head shape, long ears, elongated body shape and tall limbs. For morphologic characterization, 14 different measurements of height, width and perimeter were collected in 50 sows and 10 boars, based on standard recommendations, and from those, different zoometric indexes were calculated. Average mature weight was 212±24 kg for females and 248±25 kg for males. Correlations between different measurements were calculated, and an equation for prediction of mature weight in MA pigs was developed, based on the 7 more significant variables (r2 = 0,90). When compared with those collected in Bísaro pigs, several zoometric variables were significantly different. For productive characterization, individual and pedigree records collected in the farm over 16 years were used. The full data base included records on about 70 boars and 1100 sows, with approximately 3000 farrowing records. Overall mean values for number of pigs born alive and weaned/litter were 9,1±2,6 and 8,3±2,2, respectively, while the means for gestation length, age at first farrowing and longevity were 116±1,4 days, 15,0±2,5 months and 2,0±1,5 years, respectively. Heritability estimates were 0,05 for litter size and 0,10 for number weaned/litter. The average number of generations known in this population is approximately 4, and average inbreeding is 8,8% for pigs born in 2003-2004, with a rate of inbreeding/year of 0,76%. About 50% of the current genetic pool is accounted for by the genetic contributions of only 5 founder animals. For genetic characterization, a set of 27 polymorphic genetic markers (microsatellites), recommended by FAO/ISAG for studies on swine genetic diversity, were used. A sample of 249 animals from 7 populations (MA, Bísara, Alentejana, Duroc, Landrace, Pietrain and Large White) was used, with 23-50 animals represented per breed. DNA extraction was performed with Chelex® and Proteinase-K, followed by 3 PCR multiplexes, each with 9 markers, using fluorescence-labelled primers.. Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(10) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Abstract. The PCR products were analysed by capillary electrophoresis (ABI310 sequencer), followed by interpretation of results with Genescan and Genotyper. For statistical analyses, standard population genetics procedures were followed, using the Genetix, Cervus, Genepop and Populations packages. Of the 27 microsatellite loci studied, two were discarded from the analyses because of poor amplification and reading. The total number of alleles detected for the 25 microsatellite loci in the seven populations was 261, with a range per locus between 6 (S0090) and 20 (S0005), while the average number of alleles (NMA) per marker ranged between 3,17 (S0227) and 8,33 (S0068). For the Duroc breed, locus S0101 was monomorphic. Average observed and expected heterozygosities for the set of markers used were 0,621 and 0,667, respectively. Among populations, NMA ranged between 3,77 (Duroc) and 7,18 (Landrace), with observed heterozygosities ranging between 0,468 (Duroc) and 0,645 (Landrace). The mean PIC for the set of markers used was 0,685 and, in all populations, several loci were not in Hardy-Weinberg equilibrium. The degree of genetic differentiation among populations (GST) was 0,1844. Fixation indexes, calculated based on 22 markers, were 0,0673 for FIS, 0,2393 for FIT and 0,1844 for FST, with the highest FIS values observed in the Alentejana and Bísara breeds. Genetic distances were estimated among populations (DS, DRey e DA) and individuals (DAS), for construction of phylogenetic trees, using the Neighbour-Joining methodology. The largest DS was observed between MA and Duroc (0.7616) and the smallest between MA and Landrace (0,2313). For the different distances calculated, the Duroc and Alentejana were consistently separated from the other breeds, while MA and Landrace were always close to each other. Bayesian methods were used to allocate individuals to breeds, with a correct classification to the breed of origin ranging between 61% in Alentejano and 88% in MA. To study the mutation in the RYR1 locus (which confers stress susceptibility), a new technique for detection of SNPs was developed in the Molecular Genetics Laboratory of “Estação Zootécnica Nacional”. The identification of the point mutation was performed by SNaPshot, followed by capillary electrophoresis in an automated sequencer. Frequency of the recessive allele (n) was 0 in Duroc, 0,275 in Landrace, 0,34 in MA, 0,75 in Pietrain and lower than 0,10 in the other breeds. The proportion of heterozygous carriers was 0,15 in Landrace, 0,40 in Pietrain and 0,60 in MA. In Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(11) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Abstract. populations with frequencies of the recessive allele lower than 0,10, recessive homozygous (nn) individuals were not detected, but their occurrence was 0,55 in Pietrain, 0,20 in Landrace and 0,04 in MA. Keywords: Swine; Breeds; Genetics; Microsatellites; Diversity; Morphology; Demography.. Tese de Mestrado em Produção Animal. António Pedro Andrade Vicente.

(12) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice Geral. ÍNDICE GERAL. Pág.. I. INTRODUÇÃO E OBJECTIVOS ................................................................................ 1 II. REVISÃO BIBLIOGRÁFICA .................................................................................... 4 II.1. Origem, evolução e domesticação do porco ......................................................... 4 II.2. Divisão dos suínos em diferentes troncos............................................................. 7 II.2.1. Tronco Céltico (ou Celta) .............................................................................. 8 II.2.2. Tronco Ibérico................................................................................................ 9 II.2.3. Tronco Asiático.............................................................................................. 9 II.3. Raças de suínos ................................................................................................... 11 II.3.1. Principais raças porcinas exóticas reconhecidas em Portugal ..................... 11 II.3.1.1. Large White (LW)................................................................................. 11 II.3.1.2. Landrace (LR) ...................................................................................... 12 II.3.1.3. Duroc .................................................................................................... 13 II.3.1.4. Berkshire ............................................................................................... 14 II.3.1.5. Pietrain ................................................................................................. 15 II.3.2. Raças autóctones portuguesas...................................................................... 16 II.3.2.1. Raça Alentejana .................................................................................... 17 II.3.2.2. Raça Bísara ........................................................................................... 19 II.3.2.3. População suína Malhado de Alcobaça ................................................ 21 II.4. Caracterização morfológica de populações suínas ............................................. 24 II.5. Caracterização demográfica de suínos................................................................ 26 II.6. Aspectos de caracterização produtiva com interesse na definição de populações suínas .......................................................................................................................... 28 II.7. A conservação dos recursos genéticos animais – diferentes estratégias............. 30 II.7.1. Estratégias de conservação da variabilidade genética ................................. 31 II.7.1.1. Conservação in situ............................................................................... 32 II.7.1.2. Conservação ex situ .............................................................................. 33 II.8. Caracterização genética de populações suínas.................................................... 34 II.8.1. Introdução .................................................................................................... 34 II.8.2. Diferentes tipos de polimorfismos de DNA como marcadores genéticos ... 35 II.8.2.1. RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms) ....................... 38 II.8.2.2. RAPDs (Random Amplified Polymorphic DNA) .................................. 39 II.8.2.3. AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphisms) ......................... 40 II.8.2.4. VNTRs (Repetições em série de número variável)............................... 41 II.8.2.5. SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms)............................................ 43 II.8.3. Os microssatélites como marcadores genéticos........................................... 44 II.8.4. Selecção de microssatélites para estudos de caracterização genética de suínos ...................................................................................................................... 47 II.8.5. Técnicas de caracterização alélica com microssatélites............................... 48 II.8.5.1. Extracção de DNA ................................................................................ 48 II.8.5.2. A reacção em cadeia da Polimerase (PCR)........................................... 49 II.8.5.3. Concepção e escolha de primers........................................................... 51 II.8.5.4. Detecção de fragmentos de DNA através do uso de fluorocromos e sequenciação automática em capilar................................................................... 52 II.8.6. A síndrome de sensibilidade ao stress porcino ............................................ 53 III. MATERIAL E MÉTODOS...................................................................................... 56 III.1. Caracterização morfológica............................................................................... 56 III.2. Caracterização demográfica .............................................................................. 61 III.3. Caracterização produtiva ................................................................................... 64. Tese de Mestrado em Produção Animal. I. António Pedro Andrade Vicente.

(13) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice Geral. Pág. III.4. Caracterização genética ..................................................................................... 67 III.4.1. Recolha de material biológico .................................................................... 67 III.4.2. Reagentes e equipamento ........................................................................... 68 III.4.3. Extracção de DNA...................................................................................... 68 III.4.4. Microssatélites utilizados ........................................................................... 68 III.4.5. Amplificação dos microssatélites mediante técnica de PCR...................... 70 III.4.6. Análise dos produtos de PCR marcados com fluorescência por sequenciação automática ........................................................................................ 72 III.4.7. Tratamento estatístico dos dados referentes aos microssatélites ................ 73 III.4.8. Detecção de mutações pontuais por SNPs.................................................. 79 IV. RESULTADOS ........................................................................................................ 84 IV.1. Caracterização morfológica............................................................................... 84 IV.2. Caracterização demográfica .............................................................................. 88 IV.3. Caracterização produtiva................................................................................... 92 IV.4. Caracterização genética..................................................................................... 97 IV.4.1. Amplificação dos microssatélites............................................................... 97 IV.4.2. Alelos detectados........................................................................................ 97 IV.4.3. Tamanhos dos alelos amplificados e respectivas frequências alélicas....... 99 IV.4.4. Equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW) .................................................... 105 IV.4.5. Análise da diversidade genética dos marcadores ..................................... 107 IV.4.6. Parâmetros de diferenciação genética entre e dentro das populações suínas .............................................................................................................................. 109 IV.4.7. Diversidade genética das populações ....................................................... 111 IV.4.8. Distâncias genéticas entre populações e respectivas árvores ................... 113 IV.4.9. Discriminação de populações (alocação) ................................................. 118 IV.4.10. Análise Factorial de Correspondências .................................................. 119 IV.4.11. Gene do Halotano (RYR1) ..................................................................... 122 V. DISCUSSÃO ........................................................................................................... 124 V.1. Caracterização morfológica .............................................................................. 124 V.2. Caracterização demográfica.............................................................................. 129 V.3. Caracterização produtiva .................................................................................. 134 V.4. Caracterização genética .................................................................................... 139 V.4.1. Introdução .................................................................................................. 139 V.4.2. Avaliação da bateria de microssatélites utilizados .................................... 139 V.4.3. Alelos detectados ....................................................................................... 140 V.4.4. Análise da diversidade genética dos marcadores....................................... 142 V.4.5. Parâmetros de diferenciação genética entre e dentro das populações ....... 143 V.4.6. Diversidade genética das populações ........................................................ 144 V.4.7. Distâncias genéticas entre populações e respectivas árvores .................... 146 V.4.8. Discriminação de populações (Assignment) .............................................. 149 V.4.9. Análise Factorial de Correspondências ..................................................... 150 V.4.10. Gene do Halotano (RYR1) ...................................................................... 151 VI. CONSIDERAÇÕES FINAIS ................................................................................. 153 VII. BIBLIOGRAFIA .................................................................................................. 155 ANEXOS. Tese de Mestrado em Produção Animal. II. António Pedro Andrade Vicente.

(14) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Tabelas. ÍNDICE DE TABELAS. Pág.. Tabela II.1. Valores médios de alguns parâmetros produtivos e reprodutivos da raça suína Alentejana………………………………………........………………......18 Tabela III.1. Medições realizadas aos animais em estudo e respectiva correspondência (em letras) com Figuras III.1 e III.2. …………………………….57 Tabela III.2. Efeitos fixos incluídos no modelo final de análise de variância das medições corporais das populações Bísara e Malhado de Alcobaça..……………….60 Tabela III.3. Número de animais amostrados por raça e sexo……………………...…67 Tabela III.4. Conjunto de 27 microssatélites seleccionados para a caracterização genética das populações estudadas e respectivos primers, agrupados em três multiplex distintos.………………………………………………….……….……….69 Tabela III.5. Microssatélites e respectivos primers com dificuldades de amplificação e leitura, agrupados numa Mix 4………………….…………..……….70 Tabela III.6. Condições de amplificação esperadas dos microssatélites……………....71 Tabela III.7. Sequência de primers a utilizar consoante a reacção da PCR………..….82 Tabela IV.1. Estatísticas descritivas das medidas biométricas analisadas – Fêmeas….84 Tabela IV.2. Estatísticas descritivas das medidas biométricas analisadas – Machos....84 Tabela IV.3. Correlações entre as medidas biométricas (fêmeas acima da diagonal e machos abaixo da diagonal)……….……………….…………..………...85 Tabela IV.4. Principais Índices Zoométricos calculados (em %) ± desvio padrão e respectivo Coeficiente de Variação (CV)…..………………………….…...86 Tabela IV.5. Estatística descritiva das medições corporais (em cm) e respectivos Índices biométricos (em %) para a raça Bísara…..…..………………………….…...86 Tabela IV.6. Resultados da Análise de Variância (valores de F) dos parâmetros zoométricos para as populações Malhado de Alcobaça e Bísaro……………….…...87 Tabela IV.7. Matriz de classificação das duas populações em análise…………...…...87 Tabela IV.8. Nível de preenchimento das genealogias (em %) na população Malhado de Alcobaça em dois períodos distintos..……………….………………….89 Tabela IV.9. Intervalo de gerações médio estimado (L) para varrascos e marrãs…….91 Tabela IV.10. Estatísticas descritivas de alguns parâmetros produtivos……………...93 Tabela IV.11. Estimativas de parâmetros genéticos para a prolificidade, nº de leitões desmamados e duração da gestação (± erro padrão) na população Malhado de Alcobaça…………………………………………….……….………....95. Tese de Mestrado em Produção Animal. III. António Pedro Andrade Vicente.

(15) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Tabelas. Pág. Tabela IV.12. Correlação genética (rg) acima da diagonal e fenotípica (rp) abaixo da diagonal para a prolificidade (Prol), nº de leitões desmamados (NLD) e duração da gestação (DG) em porcas Malhado de Alcobaça...….………....96 Tabela IV.13. Correlação entre efeitos ambientais permanentes (rpe) da prolificidade (Prol), nº de leitões desmamados(NLD) e duração da gestação (DG) em porcas Malhado de Alcobaça...….………………………………………....96 Tabela IV.14. Número de alelos detectados por locus e por população……………….98 Tabela IV.15. Alelos detectados para cada locus e respectivo comprimentos (pb)…...98 Tabela IV.16. Combinações loci/população que não estão em EHW………………..106 Tabela IV.17. Combinações loci/população que apresentam excesso / deficiência de heterozigotos………..….…………………………………………....107 Tabela IV.18. Diversidade genética dos marcadores analisados……………………..109 Tabela IV.19. Índices de fixação (FIS, FIT, FST) e coeficiente de diferenciação genética (GST) para cada um dos 22 loci ………………………………..……….....111 Tabela IV.20. Diversidade genética das sete populações suínas……………………..112 Tabela IV.21. Valores de Theta (θ)( acima da diagonal) e Número de Migrantes (Nm) (abaixo da diagonal) entre populações ...…..……………………..……….....113 Tabela IV.22. Distâncias genéticas entre as sete populações suínas em estudo para 22 loci (DS acima da diagonal e DRey abaixo) ...…………………………........114 Tabela IV.23. Distâncias genéticas (DA) entre as sete populações para 22 loci .........115 Tabela IV.24. Número e percentagem de indivíduos classificados nas sete populações suínas em análise (para p<0,01) ...…………………………..................118 Tabela IV.25. Número e percentagem de suínos incorrectamente classificados, não classificados e classificados em mais que uma população (p<0,01)...................119 Tabela IV.26. Frequências génicas e genotípicas para o gene do halotano nas sete populações estudadas…………………………………………….....................122 Tabela V.1. Comparação de diferentes valores de FIS, FIT, FST e Ho, segundo diferentes autores e este estudo……………..…………………………..……….....144. Tese de Mestrado em Produção Animal. IV. António Pedro Andrade Vicente.

(16) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Figuras. ÍNDICE DE FIGURAS Pág. Figura II.1. Esquema taxonómico do porco. Adaptado de Carbó e Andrada, (2001).…7 Figura II.2. Exemplar fêmea da raça Alentejana. Quinta do Bonito. ESAS, 2005…....17 Figura II.3. Exemplar fêmea da raça Bísara. Quinta do Bonito. ESAS, 2005………...19 Figura II.4. Exemplar fêmea da população Malhado de Alcobaça. Selecpor, 2004…..23 Figura II.5. Exemplar macho da população Malhado de Alcobaça. Selecpor, 2004.....23 Figura III.1. Esquema de tomada de medições zoométricas – vista lateral…………...58 Figura III.2. Esquema de tomada de medições zoométricas – vista de cima….……...58 Figura III.3. Instrumentos de medida usados……………………………………...…..58 Figura III.4. Pesagem de uma fêmea Malhado de Alcobaça. Selecpor S.A..…......…..58 Figura III.5. Electroferograma obtido pelo programa Genescan..…......……………...72 Figura III.6. Leitura de comprimentos de alelos (pb) no programa Genotyper..……...72 Figura III.7. Gel de agarose para confirmação de amplificação de fragmentos com 73 pb……………………………………………………………...……..............81 Figura III.8. Sequência nucleotídica da região com a mutação pontual do gene RYR1 (C ou T no locus 1843). Adaptado de Fujii et al., (1991)…...……..................82 Figura III.9. Diferentes genótipos possíveis para a mutação no gene RYR1…………83 Figura IV.1. Pormenor de fêmea de coloração mais clara e orelhas bem compridas e pendentes……………………………………………...……...................88 Figura IV.2. Pormenor da cabeça de coloração branca e côncava de um varrasco MA………..……………………………………………...……...................88 Figura IV.3. Número médio de gerações conhecidas por ano de nascimento…..….…89 Figura IV.4. Evolução do Fi por ano de nascimento e respectiva tendência………….90 Figura IV.5. Proporção de animais reprodutores consanguíneos (Fi>0) e não consanguíneos (Fi=0) consoante o ano de nascimento...……….…......................90 Figura IV.6. Distribuição dos animais da população Malhado de Alcobaça, em dois períodos distintos, segundo diferentes classes de consanguinidade...............91 Figura IV.7. Contribuição genética (em %) dos diferentes fundadores (qk) e ascendentes (pk)…………………………………………….......................................92 Figura IV.8. Distribuição da idade ao primeiro parto das fêmeas MA……………..…93 Figura IV.9. Distribuição da vida útil das fêmeas Malhado de Alcobaça………..…...94. Tese de Mestrado em Produção Animal. V. António Pedro Andrade Vicente.

(17) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Figuras. Pág. Figura IV.10. Distribuição do intervalo entre partos (em dias) segundo diferentes classes para as fêmeas Malhado de Alcobaça……......................................94 Figura IV.11. Variação da prolificidade (Prol), número de leitões desmamados (NLD) e duração da gestação (DG) em função da idade das porcas MA.....................96 Figura IV.12. Distribuição das frequências alélicas dos 25 microssatélites analisados para as sete populações suínas amostradas……………….......................100 Figura IV.13. Representação gráfica da árvore de distâncias genéticas DS (Nei, 1972) pelo método NJ, com 10000 replicações...………………......................115 Figura IV.14. Representação gráfica da árvore de distâncias genéticas DRey (Reynolds, 1983) pelo método NJ, com 10000 replicações...…..……......................116 Figura IV.15. Representação gráfica da árvore de distâncias individuais DAS construída pela métodologia NJ………………………….....…..……......................117 Figura IV.16. Disposição espacial das sete populações em análise, segundo uma análise factorial canónica………………………….....…..…….........................120 Figura IV.17. Disposição espacial (em dois planos distintos, A e B) dos indivíduos das sete populações suínas, segundo uma análise factorial canónica…….................121 Figura IV.18. Disposição espacial (3D) dos indivíduos de cinco populações suínas, excluindo a Alentejana e Duroc, segundo uma análise factorial canónica….............122. Tese de Mestrado em Produção Animal. VI. António Pedro Andrade Vicente.

(18) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Abreviaturas. ÍNDICE DE ABREVIATURAS % - Percentagem A – Adenina AC – Altura à cernelha ACo – Altura ao codilho ACP – Análise de Componentes Principais AFLPs – Amplified fragment length polymorphisms AG – Altura à garupa aij – grau de parentesco entre os indivíduos i e j ANCPA – Associação Nacional de Criadores do Porco Alentejano ANCSUB – Associação Nacional de Criadores de Suínos de Raça Bísara APCRPS – Associação Portuguesa de Criadores de Raças Porcinas Selectas BLUP – Best linear unbiased prediction C- Citosina c2 – Efeitos ambientais permanentes Ca+ - Cálcio CBD – Convenção sobre Biodiversidade CC – Comprimento da cabeça CCo – Comprimento do corpo CF – Comprimento da face CG – Comprimento da garupa cm – centímetros CV – coeficiente de variação DA – distância de Nei ou de Cavalli-Sforza modificada DAS – distâncias entre indivíduos por partilha de alelos (allel sharing) DG – duração da gestação DGV – Direcção Geral da Veterinária DNA – ADN (Ácido Desoxirribonucleico) dNTPs – desoxinucleósidos trifosfato DOP – Denominação de Origem Protegida dp – desvio padrão DREY – distância de Reynolds DS – distância standard de Nei. Tese de Mestrado em Produção Animal. VII. António Pedro Andrade Vicente.

(19) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Abreviaturas. DT – Diâmetro do tronco / altura do tórax EHW – Equilíbrio de Hardy-Weinberg ER – enzimas de restrição ESAS – Escola Superior Agrária de Santarém EUA – Estados Unidos da América EZN – Estação Zootécnica Nacional fa - Nº efectivo de ascendentes FAO – “Food and Alimentation Organization” fe – Nº efectivo de fundadores Fi – Coeficiente de consanguinidade de um indivíduo FPAS – Federação Portuguesa das Associações Suinícolas Fst – grau de diferenciação genética entre subpopulações G – Guanina GMD – Ganho Médio Diário Gst – coeficiente de diferenciação genética H – índice de heterozigotia h2 – heritabilidade HAL – gene receptor de rianodina He – heterozigotia esperada Ho – heterozigotia observada HW – Hardy-Weinberg IA – Inseminação Artificial IC – Índice corporal ICarga – Índice de carga ICEF – Índice cefálico IComp – Índice de compacidade IDCF – Intervalo desmame-cobrição fecundante IF – Índice facial IGP – Indicação Geográfica Protegida IMT – Índice metacarpo-torácico IP – Índice de proporcionalidade IPel – Índice pelviano ISAG – International Society for Animal Genetics IT – Índice torácico Tese de Mestrado em Produção Animal. VIII. António Pedro Andrade Vicente.

(20) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Abreviaturas. L – Intervalo de Gerações LC – Largura da cabeça LCo – Largura do corpo LG – Largura da garupa LG – Livro Genealógico LGM – Laboratório de Genética Molecular LR – Landrace LW – Large White MA – Malhado de Alcobaça MoDAD – “Global Project for the Measurement of Domestic Animal Genetic Diversity” mRNA – RNA mensageiro ms – Microssatélite Ne – Tamanho efectivo da população ni – Nº de gerações conhecidas NJ – Neighbor-Joining NLD – número de leitões desmamados Nm – número de migrantes NMA – Número médio de alelos ns – não significativo NTA – Número total de alelos PA – Peso adulto pb – pares de bases PC – Perímetro da canela PCR – Reacção em cadeia da Polimerase (“polymerase chain reaction”) PE – Probabilidade de exclusão PEC - Probabilidade de exclusão combinada PIC – Conteúdo de informação polimórfica pk - Contribuição genética dos ascendentes Prol – prolificidade PRT – Profundidade relativa do tórax PSE – Pale, soft and exudative PSS – Porcine stress syndrome PT – Perímetro torácico Tese de Mestrado em Produção Animal. IX. António Pedro Andrade Vicente.

(21) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Índice de Abreviaturas. PV – Peso Vivo qk – Contribuição genética dos fundadores QTLs – Quantitative trait loci RAPDs – Random amplified polymorphic DNA re – repetibilidade RFLPs – Restriction fragment length polymorphisms rg – correlação genética RG – Recursos Genéticos RGAn - Recursos Genéticos Animais RNA – Ácido Ribonucléico rp – correlação fenotípica rpe – correlação para efeitos ambientais permanentes RYR1 – gene receptor de rianodina RZ – Registo Zootécnico SAS – Statistic Analysis Systems SNPs – Single nucleotide polymorphisms STRs – Short tandem repeats T – Timina Taq – polimerase de DNA termoestável da bactéria Termus Aquaticus Tm – temperatura de melting ou de fusão UE – União Europeia UNIAPRA – União das Associações de Criadores de Porcos de Raça Alentejana VNTRs – Variable number of tandem repeats VS – Vazio subesternal ∆F/ano – Acréscimo anual da consanguinidade ∆F/geração - Acréscimo da consanguinidade por geração. Tese de Mestrado em Produção Animal. X. António Pedro Andrade Vicente.

(22) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Tese de Mestrado em Produção Animal. Índice. 11. António Pedro Andrade Vicente.

(23) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Introdução e objectivos. I. INTRODUÇÃO E OBJECTIVOS Considerando a dimensão da Europa, a sua biodiversidade em raças de animais domésticos com interesse pecuário é bastante elevada, quando comparada com a de outros continentes (FAO, 2000). Portugal, apesar de ser um país pequeno, possui diversos tipos de ambientes com características muito próprias quer a nível estrutural, climatérico e paisagístico, permitindo originar e manter, ao longo dos anos, uma enorme biodiversidade, tanto vegetal como animal. Essa vasta biodiversidade está bem patente nas cerca 40 de raças autóctones de interesse pecuário reconhecidas em Portugal (13 bovinas, 13 ovinas, 5 caprinas, 2 porcinas, 4 equídeas e 3 de galinhas), para não falar na multiplicidade existente em raças caninas (10 raças reconhecidas) (Gama et al., 2004). Na maior parte destes nichos ecológicos e ambientais são as raças autóctones as mais aptas no aproveitamento das condições oferecidas pelo meio, por vezes restritivas e adversas à expressão do potencial produtivo de animais mais exigentes. Para além disso, apresentam, em muitos casos, uma qualidade contrastada, que realça as suas características particulares, dando origem a produtos reconhecidos e diferenciados com uma aceitação crescente por parte dos consumidores. A matéria-prima para a elaboração destes produtos típicos deverá ser revista e renovada, tendo como alternativa primária as raças autóctones, que já se apresentam como uma realidade de sucesso no caso do tronco porcino ibérico e constituem uma esperança para o tronco celta (Sánchez, 1995). Hoje em dia, é cada vez maior a pressão a nível internacional e comunitária a favor da conservação dos recursos genéticos (RG) com vista à sua utilização racional e sustentada, para além de todos os benefícios adicionais que possam ser gerados. Desde a conferência sobre a biodiversidade (CBD) no Rio de Janeiro, em 1992, que todas as preocupações com os recursos genéticos “passaram para papel” tendo-se elaborado legislação específica, nomeadamente na União Europeia (UE) para a sua caracterização, conservação e utilização sustentável. O sector suinícola é bastante importante no que diz respeito às diferentes produções animais, com uma produção mundial de carne estimada de todas as espécies, no ano de 2000, de 237,1 milhões de toneladas, das quais 92,6 milhões de toneladas. Tese de Mestrado em Produção Animal. 1. António Pedro Andrade Vicente.

(24) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Introdução e objectivos. correspondem a carne de porco, ou seja, aproximadamente 40% da produção mundial (FAO, 2001). Os modernos avanços biológicos e tecnológicos revolucionaram a produção suína. Aproximadamente um bilião de porcos são produzidos em todo o mundo por ano e a carne de porco é a principal fonte de proteína de origem animal, representando aproximadamente 40% de todas as carnes vermelhas (Rothschild e Ruvinsky, 1998). Na UE, cerca de 50% da carne consumida é de porco, o que denota bem a relevância deste sector produtivo (Aumaitre, 2001 citado por Dávalos Aranda, 2002). Durante a primeira metade do século XX, algumas populações humanas apresentavam elevadas necessidades de energia, o que levou a que a carne de porco fosse a principal carne ingerida em muitas partes do mundo devido ao seu conteúdo de gordura. A produção suína em Portugal sempre sofreu fortes oscilações, dados os riscos sanitários originados pela Peste Suína Africana, mas manteve-se com grande implantação dado o alto consumo de carne de porco no nosso país. Este elevado consumo per capita deve-se, essencialmente, a factores como a elevada prolificidade e o rápido crescimento do animal até ao abate, com consequente redução do preço final para os consumidores, elevada especialização do sector porcino, reconhecidas características cárnicas e sápicas e facilidade de preparação, aliada às qualidades organolépticas. Torna-se então importante a manutenção da diversidade porcina existente no nosso país, com a preservação deste valioso património genético, contribuindo-se assim para a sustentabilidade da agricultura, a biodiversidade, a qualidade dos produtos e a segurança alimentar (FAO, 2000). A acrescentar a este facto temos ainda que as raças porcinas autóctones representam somente cerca de 2% do total da população suína em Portugal o que representa um valor muito baixo e que espelha a importância da sua preservação (Matos, 2000). A preservação das espécies e raças distintas revela-se particularmente importante no caso de animais de ciclo curto, com um intervalo de gerações reduzido (de 1 ou 2 anos) tal como ocorre na espécie porcina (Barba et al., 2004a). Dentro das estratégias de conservação e preservação dos recursos zoogenéticos, o primeiro passo a seguir centra-se no conhecimento aprofundado das populações existentes, com a realização de trabalhos de caracterização das mesmas. A caracterização de uma população normalmente tem início com a realização de censos para o conhecimento da distribuição geográfica, da estrutura populacional e Tese de Mestrado em Produção Animal. 2. António Pedro Andrade Vicente.

(25) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Introdução e objectivos. outros dados de interesse do âmbito sociológico. Posteriormente, deverá abordar-se a caracterização morfológica e produtiva, pontos que se consideram como fulcrais desde o início da zootecnia, representando uma base fundamental para o estudo e conhecimento das populações e produções animais (Aparício Sánchez, 1960; Sañudo e MartínezCerezo, 2002). Para uma correcta estruturação dos esforços de conservação e preservação das populações porcinas, é necessária a caracterização morfológica, produtiva e genética destes animais, para além de se aumentar o valor dos produtos típicos destas raças, com a criação de rótulos de qualidade reconhecida (DOP, IGP, …) (Ramos et al., 2003). Com o intuito de se proceder ao estudo dos recursos genéticos porcinos nacionais foi celebrado um protocolo entre a Direcção Geral da Veterinária (DGV), a Associação Portuguesa de Criadores de Raças Porcinas Selectas (APCRPS), a Estação Zootécnica Nacional (EZN) e a Escola Superior Agrária de Santarém (ESAS), visando a caracterização da população suína Malhado de Alcobaça. O presente trabalho decorreu no âmbito do referido protocolo, procedendo-se ao estudo desta população segundo quatro vertentes principais: 1) caracterização morfológica; 2) caracterização demográfica; 3) caracterização produtiva e 4) caracterização genética. Para a caracterização morfológica, estudaram-se os pesos dos animais (machos e fêmeas) e diferentes medições morfométricas (14 diferentes parâmetros lineares para definição do tipo racial) já que as características exteriores são os primeiros dados a serem analisados para se proceder a uma descrição pormenorizada de qualquer população animal (Sanz et al., 2004). Com vista à caracterização demográfica, realizou-se o levantamento das genealogias dos animais, seu grau de preenchimento, número de gerações conhecidas, evolução da consanguinidade individual e populacional, tamanho efectivo da população, contribuições genéticas dos fundadores e ascendentes, etc. Para a caracterização produtiva, estudaram-se os parâmetros reprodutivos referentes à produtividade numérica das fêmeas, bem como os parâmetros genéticos que lhes estão associados. Visando a caracterização genética da população Malhado de Alcobaça utilizou-se uma bateria de marcadores polimórficos (microssatélites) e o gene do halotano comparando a população em estudo com outras populações ou raças nacionais e exóticas com representatividade em Portugal. Tese de Mestrado em Produção Animal. 3. António Pedro Andrade Vicente.

(26) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Revisão Bibliográfica. II. REVISÃO BIBLIOGRÁFICA. II.1. Origem, evolução e domesticação do porco Os suínos incluem-se na Ordem dos Artiodáctilos, ou seja, com um número par de dedos, ungulados pela classificação tradicional, mas apresentam uma taxonomia complexa e diversificada (Rothschild e Ruvinsky, 1998) com uma grande variedade de raças (superior a 200) de 88 géneros diferentes. A família Suidae apareceu, durante o período evolutivo, no início do Oligocénio, após a separação da Subordem Suiforme dos restantes Artiodáctilos. Do ponto de vista morfológico os Suiformes são mais primitivos e menos especializados. As suas principais diferenças em relação às outras Sub-Ordens dos Artiodáctilos centram-se na estrutura, função dos compartimentos gástricos e morfologia dos dentes. A família Suidae inclui as espécies mais dispersas de não ruminantes, com número par de dedos. Todos os indivíduos apresentam focinho alongado, com os dentes caninos bem desenvolvidos, sendo os do maxilar superior curvos. Apresentam estômago simples e são omnívoros. Esta família disseminou-se amplamente pelos continentes Africano, Europeu e Asiático. De entre estes, os que nos interessam são os animais pertencentes à sub família Suinae onde se incluem os do género Sus. Pensa-se que o género Sus apareceu no Pliocénio inferior há cerca de 3 a 5 milhões de anos na Europa e Indonésia. Uma das espécies originárias do género Sus, o Sus scrofa teve um sucesso tremendo de adaptação ao meio e capacidade de sobrevivência e espalhou-se largamente por toda a Ásia e Europa, levando mesmo à substituição de outras espécies que aí habitavam. Um número mais ou menos distinto de subespécies emergiu e algumas delas tiveram um papel independente e activo no processo de domesticação, que começou há mais de 5000 anos (Rothschild e Ruvinsky, 1998). A domesticação de plantas e animais levou a uma das mais importantes alterações sócio-económicas da história da humanidade (Larson et al., 2005). Os suínos selvagens representavam uma importante fonte alimentar para os caçadores nómadas na Euroásia (Benecke, 1993 citado por Larson et al., 2005) quando os animais de maior porte começaram a sofrer a domesticação.. Tese de Mestrado em Produção Animal. 4. António Pedro Andrade Vicente.

(27) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Revisão Bibliográfica. O lugar e a época de domesticação do porco estão perdidos na História. Towne e Wentworth (1950), Mellen (1952), Porter (1993) citados por Lewis (2001), indicam que os ancestrais dos porcos modernos viveram na China, Mesopotâmia, África e Europa há mais de 6000 anos. Suínos e humanos vivem em associação há séculos, dada a capacidade daqueles de responderem favoravelmente a ambientes diferentes e à mudança das necessidades humanas. Registos de uma extensa pesquisa zooarqueológica, sugerem que a domesticação dos porcos surgiu, em primeiro lugar, há cerca de 9000 anos no Próximo Oriente (Epstein 1984, citado por Larson et al., 2005). No entanto, estudos mais recentes, a nível molecular e arqueológico, evidenciam uma segunda e independente época de domesticação no Extremo Oriente (Giuffra et al., 2000; Jing e Flad, 2002 citados por Larson et al., 2005). Embora seja sugerida uma zona de domesticação independente do porco selvagem na Europa (Bokonyi, 1974), outros autores (Troy et al., 2001 e RowleyConwy, 2003 citados por Larson et al., 2005) concluíram que, como no caso dos bovinos e ovinos, os suínos derivam de um pool genético do Próximo Oriente, importado por agricultores do Neolítico para a Europa. Estudos anteriores identificaram três clusters divergentes de sequências mitocondriais de Sus scrofa, sendo uma na Ásia e duas na Europa. Segundo estudos de Larson et al., (2005) a linhagem basal de Sus scrofa teve origem no Sudoeste Asiático e daí dispersou-se para a Índia e subsequentemente para Este da Ásia e finalmente ocorreu a dispersão progressiva para a Euroásia, daí passando para a Europa ocidental. A completa falta de qualquer tipo de influência das linhagens de suínos selvagens da região da Turquia, Arménia ou Irão nas raças europeias leva a crer que, mesmo domesticados no Próximo Oriente e trazidos para a Europa por agricultores, como era suposto, não deixaram qualquer descendência entre as raças modernas dos nossos dias. Pela pesquisa e aplicação da genética molecular foram reveladas provas claras que existiram múltiplos centros de domesticação dos suínos por toda a Euroásia (Larson et al., 2005). A domesticação destes animais correspondeu a uma importante fonte alimentar proteica para várias civilizações, e as características organolépticas da carne, nomeadamente o flavour, são apontadas como um possível argumento para a Tese de Mestrado em Produção Animal. 5. António Pedro Andrade Vicente.

(28) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Revisão Bibliográfica. preferência dada a estes animais (Johnson, 1991, citado Rothschild e Ruvinsky, 1998), como aliás é comprovado pela cozinha chinesa, que gira em torno do porco e da gordura da sua carne. Pensa-se que a domesticação conduziu a diversas alterações no perfil físico dos indivíduos, ou seja, houve uma modificação acentuada das características dos suínos, para se adaptarem às diferentes funções que lhes eram requeridas. Bokonyi (1974) refere que um dos primeiros resultados da domesticação foi uma redução do esqueleto. Este aspecto não se apresentou sempre como referido visto ter ocorrido também um aumento ou manutenção do tamanho corporal em especial nos suínos criados na Europa. Pensa-se que este facto se deveu, essencialmente, ao tipo de dieta a que os animais estavam sujeitos, mais rica em energia na Europa e com menos energia e mais fibra na Ásia, dando origem a porcos de menores dimensões. Outro aspecto da domesticação foi o de conduzir ao diferente desenvolvimento das partes que compõem o corpo dos animais, dada a maior disponibilidade de nutrientes desde tenra idade. Outra diferença importante refere-se ao temperamento e reactividade dos animais. Segundo Darwin (1868) citado por Rothschild e Ruvinsky, (1998) os chineses começaram a domesticar e confinar mais cedo os seus porcos, em estabulação ou próximos de si, dado serem populações muito mais numerosas, com necessidade de maior disponibilidade de recursos e de terras para a agricultura. Devido a esta proximidade maior ao homem e consequente selecção, as raças do tronco asiático tornaram-se mais fleumáticas, com características temperamentais mais calmas e “pachorrentas” quando comparadas com as do continente europeu. Um outro dado interessante foi que, com estas alterações comportamentais e dos sistemas produtivos asiáticos, os porcos passam menos tempo a fossar, despendendo menos energias com esta actividade, levando a que deponham mais facilmente gordura e aumentam a eficiência de conversão alimentar (Rothschild e Ruvinsky, 1998). Outro aspecto a ter em conta é o diferente desenvolvimento corporal entre porcos selvagens e porcos domésticos. Hammond (1962) citado por Rothschild e Ruvinsky, (1998), concluiu que os nutrientes são primeiramente utilizados para o desenvolvimento da cabeça, cérebro e espinal-medula e posteriormente as outras partes do porco. Logo, estas eram mais desenvolvidas, passando para segundo plano a deposição de carne e gordura. Este facto ajuda a explicar a diferença fenotípica entre os suínos selvagens e os domésticos.. Tese de Mestrado em Produção Animal. 6. António Pedro Andrade Vicente.

(29) Caracterização do porco Malhado de Alcobaça. Revisão Bibliográfica. Os estudos de domesticação dos animais domésticos são muito importantes porque, para além de ampliarmos o conhecimento de como foram domesticados, sua evolução e dispersão pelo globo, podemos tirar ilações relevantes acerca da evolução da população humana e sua distribuição progressiva pelos diferentes continentes (Larson et al., 2005). O. porco. doméstico. pertence. à. Classe. MAMMALIA,. à. Ordem. ARTIODACTYLA, (dois dedos funcionais em cada membro), à Família Suidae e ao género Sus (Fig.II.1).. Figura II.2 - Esquema taxonómico do porco (Adaptado de Carbó e Andrada, 2001).. II.2. Divisão dos suínos em diferentes troncos Segundo Lima (1919), os suínos actuais podem considerar-se descendentes de três grandes grupos: Tese de Mestrado em Produção Animal. 7. António Pedro Andrade Vicente.