[PDF] Top 20 Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy.
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy.
... O Galaxy utiliza um formato específico para nomear arquivos de resultados de análise composto pelo nome do programa, os números dos conjuntos de dados e um título em caso de múltiplos resul- ... See full document
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Transcriptoma de Leishmania (V.) braziliensis por RNA-Seq: montagem de transcriptomas, enriquecimento de orfeoma, análise de expressão e anotação dos genes diferencialmente expressos
... O processo de anotação consiste em agregar o máximo de informação biológica à uma determinada sequência ou conjunto de sequências, que pode variar desde um transcrito até um genoma inteiro. Em outras palavras, podemos ... See full document
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Comparação de metodologias para identificação de genes diferencialmente expressos em experimentos de RNA-Seq de suínos
... a análise de expressão gênica é o tratamento dos dados brutos e esse consiste na retirada de regiões que não fazem parte do genoma do organismo ...dos dados brutos, dentre os tipos possíveis de ... See full document
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Um modelo Bayesiano de meta-análise para dados de ChIP-Seq
... from RNA-Seq experiments. For this set of tests, we used the ChIP-Seq and RNA-Seq experiments of Mus musculus published by Bergsland et ...ChIP- Seq experiment treated with SOX3 ... See full document
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Análise do transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-Seq
... 3 Mesmo com sua importância econômica, o genoma da cana-de-açúcar ainda não está disponível, devido principalmente à sua complexidade genômica (alta ploidia) (KIM, et al., 2013). A base de recursos utilizada para o ... See full document
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MÉTODO DE IDENTIFICAÇÃO DE GENES TAXONOMICAMENTE RESTRITOS EM DADOS DE RNA-SEQ EM ORGANISMO NÃO MODELO
... a análise por ortologia que possui duas abordagens diferentes, uma baseada em árvores filogenéticas e outra em gráfos (STUDER; ROBINSON- RECHAVI, 2009; TRACHANA et ...de dados e custo mais acessível (VAN ... See full document
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Número de repetições na identificação de genes diferencialmente expressos em experimentos de RNA-Seq
... Esta análise tem sido realizada pela obtenção do RNA-Seq (transcriptoma) produzido pelas diferentes tecnologias de sequenciamentos de nova geração (NGS), a partir do cDNA derivado de RNA, que ... See full document
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Transcriptome profiling of spinal muscular atrophy models using RNA-Seq
... de RNA- seq de neurónios motores diferenciados de culturas de iPSC criadas a partir de fibroblastos de um individuo normal (controlo), o mesmo individuo normal com um shRNA que diminui a expressão de SMN e ... See full document
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Assessing pseudogene expression during neural differentiation by RNA-Seq
... O primeiro pseudogene foi descoberto em 1977, coincidindo com o aparecimento da primeira técnica de sequenciação. O desenvolvimento das tecnologias de NGS, bem como a redução de custo das mesmas, têm permitido que cada ... See full document
55
Análise do método suvrel na expressão diferencial a partir da matriz de contagens gerada com dados de RNA-SEQ
... experimento RNA-Seq ´e onde propriamente a inferˆencia de express˜ao diferencial ´e executada, a partir da estimativa dos parˆametros dos respec- tivos modelos estat´ısticos entre dependendo do pacote, duas ... See full document
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Análise funcional das proteínas desacopladas mitocondriais de plantas utilizando RNA-seq e mutantes de inserção
... uma análise do transcriptoma de plantas transgênicas de tabaco que superexpressam o gene AtUCP1 de Arabidopsis thaliana utilizando a técnica de ...o RNA-Seq foi gerado de mais de um milhão de ... See full document
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Análise de dados de RNA-Seq com diferentes números de fatores e repetições
... Como o TCC utiliza funções já existentes por outros pacotes, o usuário deve escolher qual função será utilizada para realizar a normalização na etapa (i) e (iii). Para isso, pode-se escolher a opção TMM, que é o método ... See full document
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RNA-Seq reveals leaf cuticular wax-related genes in Welsh onion.
... The waxy cuticle plays a very important role in plant resistance to various biotic and abiotic stresses and is an important characteristic of Welsh onions. Two different types of biangan Welsh onions (BG) were selected ... See full document
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RNA-Seq of the nucleolus reveals abundant SNORD44-derived small RNAs.
... 18S RNA binding site are ...cytoplasmic RNA fractions using the indicated probes. An equal amount of each RNA preparation (25 mg) was loaded in ... See full document
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Characterization of FUS mutations in amyotrophic lateral sclerosis using RNA-Seq.
... analyzing RNA-Seq data on an individual gene level, we have additionally performed KEGG pathway ...For RNA- Seq data a potential length-dependent bias has to be considered as well ... See full document
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Contributions of RNA-seq to improve in vitro embryo production (IVP)
... An RNA-seq study reported a correlation between the transcriptomic profile of blastocysts and bull fertility measured by sire conception rate (Kropp et ...of RNA-seq to identify novel ... See full document
11
Identifying stably expressed genes from multiple RNA-Seq data sets
... two RNA-Seq data sets are separately normalized with different reference sets, a fold change of two observed in one experiment may not be directly comparable to a fold change of two observed in the ... See full document
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The combined analysis as the best strategy for Dual RNA-Seq mapping
... The second experiment used to evaluate the com- bined Dual RNA-Seq analysis was performed by Lanubile et al. (2014), who investigated maize roots gene expression during Fusarium verticillioides infection. ... See full document
14
Identification of potential target genes of USP22 via ChIP-seq and RNA-seq analysis in HeLa cells
... Further RNA-seq, GO and pathway analyses revealed that knockdown of UPS22 induced differential expression of many genes that participated in diverse physiological processes, such as metabolic ...and ... See full document
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ANÁLISE DE COORTES DE MIGRANTES UTILIZANDO DADOS CENSITÁRIOS
... uma análise transver- sal, podendo-se comparar descritivamente os indicadores obtidos nos diferentes ...à análise transversal, a análise de caráter longitudinal, a qual nos referimos como ... See full document
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